R语言 MotIV包 plot-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot-methods(MotIV)
plot-methods()所属R语言包：MotIV

                                        Plot Motiv
                                         图Motiv

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This functions are used to vizualise and validate motiv analysis.
这个功能，用于vizualise和验证motiv分析。


用法----------Usage----------


        ## S4 method for signature 'motiv,ANY'
plot(x, y=NULL, main=NULL, sub=NULL, ncol=0, nrow=0, top=3, bysim=TRUE, rev=FALSE, trim=0.05, cex)
        ## S4 method for signature 'motiv,gadem'
plot(x, y, sort=FALSE, group=FALSE, main=NULL, sub=NULL, ncol=0, nrow=0, xlim=NULL, correction=TRUE,  bysim=TRUE, strand=FALSE, type="distribution", trim=0.05, col=c("blue", "red"), border=c("black", "black"), lwd=2, lty=1, nclass=20, bw="nrd0", cex=1, vcol=c("red", "green"))



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of class motiv.
对象类motiv。


参数：y
The GADEM type object associated with the motiv object.
与motiv对象GADEM类型的对象。


参数：ncol, nrow
A numeric value giving the the number of columns and rows to plot.
列和行的数目要绘制的数值。


参数：top
A numeric value giving the number of best matches per motif to display.
给每个主题的最佳匹配，以显示一个数值。


参数：rev
A logical value. If TRUE, print reverse motif for negatif strand.        
一个逻辑值。如果TRUE，打印扭转negatif链的主题。


参数：main
An overall title for the plot: see title.
一个总冠军的图：看到title。


参数：sub
A sub title for the plot: see 'title'        
一个图子标题：标题


参数：type
What type of plot should be drawn. Possible values are : distribution to display the binding sites distribution within the peaks or distance to show the pairwise distance between motifs.
应当制定什么样的图类型。可能的值是：分布显示峰或距离内的结合位点分布显示图案之间的成对距离。


参数：strand
If TRUE, distribution will be plot for both forward and reverse strand.
如果TRUE，分布将是正向和反向链图。


参数：group
If TRUE, similar motifs will be grouped.
如果TRUE，类似的图案将进行分组。


参数：sort
If TRUE, motifs will be plot according their computed variance.
如果的TRUE，主题将是图，根据他们的计算方差。


参数：bysim
If TRUE, the 'similar' field (defined with the combine function) will be print instead of the original name.
如果TRUE，类似场（combine函数定义）将打印，而不是原来的名称。


参数：xlim
A numeric vectors of length 2, giving the x coordinates ranges.
数字长度为2的一个向量，使x坐标范围。


参数：correction
If TRUE, corrects the position according to the alignment.
如果TRUE，纠正的位置对齐。


参数：trim
A numeric value. Define the mimimun information content value for which the logo letters are shown.
一个numeric值。定义的mimimun的为标志的字母显示的信息内容价值。


参数：col, border, lwd, lty
Define respectively the color, the border, the line wide and the line type of both curve and histogram. See 'par'.
分别定义的颜色，边框，行宽线曲线和直方图类型。看到“看齐”。


参数：nclass
A numerical value giving the number of class for the histogram.
一个数值，直方图类的数量。


参数：bw
he smoothing bandwidth to be used to calculate the density. See density.
他平滑的带宽被用来计算密度。看到density。


参数：cex, vcol
A numerical value giving the amount by which plotting text should be magnified relative to the default.
一个数值，绘制文本相对应放大默认金额。


Details

详情----------Details----------

A single motiv object (usualy provied by motifMatch) will plot the list of identified transcription factors for each motif.  With rev=TRUE, the transcription factor logo will be print to correspond to the real alignment instead of original TF PWM.
一个单一的motiv对象（扇贝由motifMatch provied）将绘制确定的转录因子，为每个主题的列表。用rev=TRUE，转录因子标志将打印到符合真正对齐，而不是原来的TF PWM。

Giving a motiv object and a gadem object with type="distribution" will show the motif repartition within gadem peaks. If strand=TRUE, a distinct distribution is made for forward and reverse strand.
给motiv对象和一个gadem会显示在gadem峰的母题再分配的对象type="distribution"。如果strand=TRUE，一个独特的分布是正向和反向链。

A var.test is automatically made to help to distinguish centered distribution. The distribution with lowest variance is assign as "reference" distribution to compute the var.test statistic. With sort=TRUE, distribution are plot according decreasing statistic.       
一个var.test自动以帮助区分中心的分布。最低方差的分布是作为“参考”分布计算var.test统计分配。 sort=TRUE，分布根据图减少统计。

type="distance" indicates to compute and plot the distance between each pair of motif. It aslo provied Venn diagramm that returns the proportion of common sequences per pair of motif.
type="distance"表示，计算和绘制的主题对彼此之间的距离。它aslo provied的维恩diagramm返回对每个主题的共同序列的比例。

The group argument indicates to consider similar motif as a single motif.
group参数表示要考虑作为一个单一的主题类似的主题。

With correction=TRUE the motif position is corrected accoring to the alignment. It means that the gap/"N" contained in the alignments are removed to give a corrected start and end position.
与correction=TRUE纠正accoring对齐图案位置。“这意味着，差距/路线中的“N”给一个正确的开始和结束位置被删除。


作者（S）----------Author(s)----------


Eloi Mercier &lt;<a href="mailto:emercier@chibi.ubc.ca">emercier@chibi.ubc.ca</a>&gt;



举例----------Examples----------


#####Database and Scores#####[＃＃＃＃数据库和成绩＃＃＃＃＃]
path <- system.file(package="MotIV")
jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))
jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))

#####Input#####[＃＃＃＃输入＃＃＃＃＃]
data(FOXA1_rGADEM)
motifs <- getPWM(gadem)
motifs.trimed <- trimPWMedge(motifs, threshold=1)
#####Analysis#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃分析]
foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)
summary(foxa1.analysis.jaspar )

#####Filters#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃过滤器]
f.foxa1<-setFilter(name="", tfname="FOXA1", top=3, evalueMax=10^-5)
f.ap1 <- setFilter (tfname="AP1", top=3)
f.foxa1.ap1 <- f.foxa1 | f.ap1
foxa1.filter <- filter(foxa1.analysis.jaspar, f.foxa1.ap1, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.split <- split(foxa1.analysis.jaspar, c(f.foxa1, f.ap1) , drop=FALSE, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.filter.combine <- combineMotifs(foxa1.filter, c(f.foxa1, f.ap1), exact=FALSE, name=c("FOXA1", "AP1"), verbose=TRUE)

#####Plots#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃图解]
plot(foxa1.filter.combine, ncol=2,top=5, rev=FALSE, main="FOXA", bysim=TRUE)
plot(foxa1.filter.combine ,gadem,ncol=2, type="distribution", correction=TRUE, group=FALSE, bysim=TRUE, strand=FALSE, sort=TRUE, main="FOXA", nclass=20, bw=2)
plot(foxa1.filter.combine ,gadem,type="distance", correction=TRUE, group=TRUE, bysim=TRUE, main="FOXA", strand=FALSE, xlim=c(-100,100), nclass=20, bw=8)

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