R语言 minfi包 preprocessIllumina()函数中文帮助文档(中英文对照)

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preprocessIllumina(minfi)
preprocessIllumina()所属R语言包：minfi

                                         Perform preprocessing as Genome Studio.
                                         基因组工作室进行预处理。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions implements preprocessing for Illumina methylation microarrays as used in Genome Studio, the standard software provided by Illumina.
Illumina的甲基化芯片实现这些功能的预处理，如基因组工作室，由Illumina公司提供的标准软件使用。


用法----------Usage----------


preprocessIllumina(rgSet, bg.correct = TRUE, normalize = c("controls", "no"),
    reference = 1)
bgcorrect.illumina(rgSet)
normalize.illumina.control(rgSet, reference = 1)



参数----------Arguments----------

参数：rgSet
An object of class RGChannelSet.
对象类RGChannelSet。


参数：bg.correct
logical, should background correction be performed?
逻辑，应进行背景校正？


参数：normalize
logical, should (control) normalization be performed?
逻辑，应该标准化（对照组）进行？


参数：reference
for control normalization, which array is the reference?
控制的标准化，其中数组是引用吗？


Details

详情----------Details----------

We have reverse engineered the preprocessing methods from Genome Studio, based on the documentation.
我们反向工程从基因组工作室，基于文档的预处理方法。

The current implementation of control normalization is equal to what Genome Studio provides (this statement is based on comparing Genome Studio output to the output of this function), with the following caveat: this kind of normalization requires the selection of a reference array.  It is unclear how Genome Studio selects the reference array, but we allow for the manual specification of this parameter.
目前实施的控制标准化等于基因组工作室提供（这种说法是基于比较基因组Studio输出到这个函数的输出），下面的警告：这种标准化的需要选择一个参考阵列。目前还不清楚基因组工作室如何选择参考阵列，但让我们为这个参数的手动规范。

The current implementation of background correction is roughly equal to Genome Studio.  Based on examining the output of 24 arrays, we are able to exactly recreate 18 out of the 24.  The remaining 6 arrays had a max discrepancy in the Red and/or Green channel of 1-4 (this is on the unlogged intensity scale, so 4 is very small).
目前实施的背景校正是基因组工作室大致相等。在检查24阵列的输出的基础上，我们能够完全重建24 18。其余6阵列有一个最大的差异在红色和/或1-4绿色通道（这是未记录的强度规模，所以是非常小的）。

A script for doing this comparison may be found in the scripts directory (although it is of limited use without the data files).
scripts目录中可以找到这样比较的脚本（虽然它是有限的使用没有数据文件）。


值----------Value----------

preprocessIllumina returns a MethylSet, while bgcorrect.illumina and normalize.illumina.control both return a RGChannelSet with corrected color channels.
preprocessIlluminaMethylSet，而bgcorrect.illumina和normalize.illumina.control都返回一个RGChannelSet纠正颜色通道返回。


作者（S）----------Author(s)----------



Kasper Daniel Hansen <a href="mailto:khansen@jhsph.edu">khansen@jhsph.edu</a>.




参见----------See Also----------

RGChannelSet and MethylSet as well as IlluminaMethylationManifest for the basic classes involved in these functions. preprocessRaw is another basic preprocessing function.
RGChannelSet和MethylSet和IlluminaMethylationManifest在这些功能所涉及的基本类。 preprocessRaw是另一个基本的预处理功能。


举例----------Examples----------


if (require(minfiData)) {

dat <- preprocessIllumina(RGsetEx, bg.correct=FALSE, normalize="controls")
slot(name="preprocessMethod", dat)[1]

}


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