R语言 minfi包 dmpFinder()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dmpFinder(minfi)
dmpFinder()所属R语言包：minfi

                                         Find differentially methylated positions
                                         找到差异甲基化的位置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Identify CpGs where methylation is associated with a continuous or categorical phenotype.
确定甲基化与连续或分类型的CPGs。


用法----------Usage----------


dmpFinder(dat, pheno, type = c("categorical", "continuous"),
    qCutoff = 1, shrinkVar = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：dat
A MethylSet or a matrix.
一个MethylSet或matrix。


参数：pheno
The phenotype to be tested for association with methylation.  
表型进行测试与甲基化的关联。


参数：type
Is the phenotype '"continuous" or "categorical"?   
是“连续”或“类别”的表型？


参数：qCutoff
DMPs with an FDR q-value greater than this will not be returned.   
1FDRQ值比这更大的DMPS将不予退还。


参数：shrinkVar
Should variance shrinkage be used? See details.  
应该方差收缩吗？查看详情。


Details

详情----------Details----------

This function tests each genomic position for association between methylation and a phenotype. Continuous phenotypes are tested with linear regression, while an F-test is used for categorical phenotypes.
该功能测试各协会之间的甲基化和表型的基因组的位置。连续的表型与线性回归测试，而分类表型的F-测试。

Variance shrinkage (shrinkVar=TRUE) is recommended when sample sizes are small (<10). The sample variances are squeezed by computing empirical Bayes posterior means using the limma package.
方差收缩（shrinkVar=TRUE）建议时，样本量小（<10）。样本方差计算经验贝叶斯后，意味着使用limma包被挤压。


值----------Value----------

A table with one row per CpG.
每一个CPG行表。


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <a href="mailto:aryee@jhu.edu">aryee@jhu.edu</a>.




参见----------See Also----------

squeezeVar and the limma package in general.
squeezeVar和limma一般的包。


举例----------Examples----------


if (require(minfiData)) {

grp <- pData(MsetEx)$Sample_Group
MsetExSmall &lt;- MsetEx[1:1e4,] # To speed up the example[加快范例]
dmp <- dmpFinder(MsetExSmall, pheno=grp, type="categorical")
sum(dmp$qval < 0.05, na.rm=TRUE)
head(dmp)

}

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