mfuzz.plot2(Mfuzz)
mfuzz.plot2()所属R语言包：Mfuzz
Plotting results for soft clustering with additional options
绘图软聚类的结果与其他选项
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function visualises the clusters produced by mfuzz. it is similar to mfuzz.plot, but offers
此功能形象化mfuzz生产聚类。它类似于mfuzz.plot，但提供
用法----------Usage----------
ax.col="black",bg = "white",col.axis="black",col.lab="black",
col.main="black",col.sub="black",col="black",cex.main=2,
参数----------Arguments----------
参数：eset
object of the classExpressionSet.
对象的classExpressionSet。
参数：cl
object of class flclust.
对象类flclust。
参数：mfrow
determines splitting of graphic window. Use mfrow=NA if layout is used (see example).
确定图形窗口的分裂。使用mfrow= NA如果layout（见例子）。
参数：colo
color palette to be used for plotting. If the color argument remains empty, the default palette is used. If the colo = "fancy", an alternative (fancier) palette will be used.
调色板可用于绘制。如果颜色参数仍然是空的，默认的调色板使用。如果colo = "fancy"替代（爱好者）调色板将被使用。
参数：min.mem
Genes with membership values below min.mem will not be displayed.
下面min.mem成员值的基因不会被显示出来。
参数：time.labels
labels for ticks on x axis.
标签上的X轴的刻度。
参数：ylim
Vector of min. and max. y-value set for plotting. If ylim=c(0,0), min. and max. value will be determined automatically.
最小向量。和max。 y值设置的图。如果ylim=c(0,0)，分。和max。值将被自动确定。
参数：xlab
label for x axis
X轴的标签
参数：ylab
label for y axis
Y轴的标签
参数：x11
If TRUE, a new window will be open for plotting.
如果是TRUE，一个新的窗口将是开放的图。
参数：ax.col
Color of axis line.
轴线的颜色。
参数：bg
Background color.
背景颜色。
参数：col.axis
Color for axis annotation.
轴标注的颜色。
参数：col.lab
Color for axis labels.
轴标签的颜色。
参数：col.main
Color for main titles.
主标题的颜色。
参数：col.sub
Color for sub-titles.
子标题的颜色。
参数：col
Default plotting color.
默认绘制的颜色。
参数：cex.main
Magnification to be used for main titles.
放大倍率可用于主标题。
参数：Xwidth
Width of window.
窗口的宽度。
参数：Xheight
Height of window.
窗口的高度。
参数：single
Integer if a specific cluster is to be plotted, otherwise it should be set to FALSE.
如果要绘制的是一个特定的聚类的整数，否则应设置为FALSE。
参数：...
Additional, optional plotting arguments passed to plot.default function.
另外，可选的绘图参数传递给plot.default功能。
值----------Value----------
The function generates plots where the membership of genes
函数生成图基因的成员
作者（S）----------Author(s)----------
Matthias E. Futschik (<a href="http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik">http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik</a>)
举例----------Examples----------
if (interactive()){
data(yeast)
# Data pre-processing[数据预处理]
yeastF <- filter.NA(yeast)
yeastF <- fill.NA(yeastF)
yeastF <- standardise(yeastF)
# Soft clustering and visualisation[软聚类和可视化]
cl <- mfuzz(yeastF,c=20,m=1.25)
mfuzz.plot2(yeastF,cl=cl,mfrow=c(2,2)) # same output as mfuzz.plot[相同的输出作为mfuzz.plot]
# More fancy choice of colors[更有趣的色彩选择]
mfuzz.plot2(yeastF,cl=cl,mfrow=c(2,2),colo="fancy",
ax.col="red",bg = "black",col.axis="red",col.lab="white",
col.main="green",col.sub="blue",col="blue",cex.main=2)
### Single cluster with colorbar (cluster # 3) [＃单聚类（聚类＃3用彩条）]
X11(width=12)
mat <- matrix(1:2,ncol=2,nrow=1,byrow=TRUE)
l <- layout(mat,width=c(5,1))
mfuzz.plot2(yeastF,cl=cl,mfrow=NA,colo="fancy", ax.col="red",bg = "black",col.axis="red",col.lab="white",
col.main="green",col.sub="blue",col="blue",cex.main=2, single=3,x11=FALSE)
mfuzzColorBar(col="fancy",main="Membership",cex.main=1)
}
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-26 00:48:29
