kmeans2(Mfuzz)
kmeans2()所属R语言包:Mfuzz
K-means clustering for gene expression data
基因表达数据的K-means聚类
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function is a wrapper function for kmeans of the e1071 package. It performs hard clustering of genes based on their expression values using
这个函数是一个kmeanse1071包的包装功能。执行硬聚类的基因,根据其表达值
用法----------Usage----------
kmeans2(eset,k,iter.max=100)
参数----------Arguments----------
参数:eset
object of the class ExpressionSet.
对象类ExpressionSet。
参数:k
number of clusters.
聚类数目。
参数:iter.max
maximal number of iterations.
迭代的最大数量。
值----------Value----------
An list of clustering components (see
聚类组件的列表(见
作者(S)----------Author(s)----------
Matthias E. Futschik (<a href="http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik">http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik</a>)
参见----------See Also----------
kmeans
kmeans
举例----------Examples----------
if (interactive()){
data(yeast)
# Data pre-processing[数据预处理]
yeastF <- filter.NA(yeast)
yeastF <- fill.NA(yeastF)
yeastF <- standardise(yeastF)
# K-means clustering and visualisation[K-means聚类和可视化]
kl <- kmeans2(yeastF,k=20)
kmeans2.plot(yeastF,kl=kl,mfrow=c(2,2))
}
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