R语言 methVisual包 plotMatrixSNP()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotMatrixSNP(methVisual)
plotMatrixSNP()所属R语言包：methVisual

                                        Plot of methylation states dependencies
                                         积的甲基化状态依赖

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Visulisation of dependencies between methylation states over explored bisulafite sequences
visulisation过度开发bisulafite序列甲基化状态之间的依赖关系


用法----------Usage----------


plotMatrixSNP(summeryMatrix,methData,file)



参数----------Arguments----------

参数：summeryMatrix
see matrixSNP()
见matrixSNP（）


参数：methData
List; contains information on the pairwise alignments, and methylated CpG motifs.
名单包含成对的路线，和甲基化的CpG基序的信息。


参数：file
String; quoted character string for specification of path and file name for saving the result. The result file is in .pdf format
字符串;引述字符字符串用于保存结果的路径和文件名规范。结果文件是PDF格式。


Details

详情----------Details----------

The SNP Plot produce a visualisation of the cooccurrence between methylation states on CpGs over all explored sequences. The index of the CpGs is based on there position on genomic sequence.
SNP的图产生一种共生的CPGs探索过所有序列之间的甲基化状态的可视化。的CPGs索引的基础上的基因组序列的位置上。


值----------Value----------

SNP Plot as pdf file saved in given path and name.
SNP的图为PDF文件保存在给定的路径和名称。


作者（S）----------Author(s)----------


Arie Zackay <arie.zackay@mail.huji.ac.il>, Christine Steinhoff <steinhof@molgen.mpg.de>



举例----------Examples----------


## using methData[＃methData]

data(methData)
summeryMatrix <- matrixSNP(methData)

## using methData, file is the path to R home directory.[＃methData，文件是为R的主目录的路径。]
## In order to save plotMatrixSNP.pdf, make sure that you have writing [＃在为了节省plotMatrixSNP.pdf的，确保你写]
## permission under R.home() directory. If you do not have permission[＃许可根据R.home（目录）。如果你没有权限]
## choose your own path. [＃选择自己的道路。]
dir.create(file.path(R.home(component="home"),"/BiqAnalyzer"))
data(methData)
summary <- matrixSNP(methData)
plotMatrixSNP(summary,methData,file=file.path(R.home(component="home"),
                        "/BiqAnalyzer/","plotMatrixSNP.pdf"))

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