R语言 metahdep包 ES.obj-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

ES.obj-class(metahdep)
ES.obj-class()所属R语言包：metahdep

                                        Class ES.obj
                                         类ES.obj

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a class representation for the effect size estimates and other summary information from a single gene expression study, usually constructed in preparation for meta-analysis.
这是一个规模效应估计类和其他汇总信息荟萃分析通常在准备建造的，从一个单一的基因表达研究的代表性。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created using the functions getPLM.es or new.
可以创建对象使用功能getPLM.es或new。


插槽----------Slots----------




gn: Object of class character representing the probeset IDs of the genes in the study.
gn：Object类的character代表的基因研究中的probeset标识。




ES.mat: Object of class matrix representing the effect size estimates for each gene in the study. Rows correspond to probesets and columns correspond to different comparisons or tests of differential expression.   If a test of differential expression was performed for different covariate levels, then there will be more than one column, so that each row in this matrix represents a vector of effect size estimates for the corresponding probeset
ES.mat：Object类的matrix代表的规模效应研究中的每个基因的估计。对应的行的probesets和列分别对应不同的差异表达比较或测试。如果差异表达的测试不同协层次进行，那么将有超过一列，因此，在这个矩阵中的每一行代表一个规模效应的向量相应probeset估计




Cov.mat: Object of class matrix, with each row representing the upper triangle of the variance / covariance matrix of the vector of effect size estimates (row in the ES.mat slot) for the corresponding probeset in the gn slot.
Cov.mat：对象类matrix，每一行代表规模效应的估计向量的方差/协方差矩阵（ES.mat插槽行）相应probeset上三角在gn插槽。




chip: Object of class character representing the chip or array version used in the study.
chip：Object类的character代表在研究中使用的芯片或阵列版本。




covariates: Object of class data.frame representing covariate differences among the columns of the matrix in the ES.mat slot. This object has a row for each column of the matrix in the ES.mat slot, and a column for each covariate to be considered in the meta-analysis, regardless of whether the covariate takes on multiple values in the study represented in this ES.obj object.
covariates：Object类的data.frameES.mat插槽代表矩阵的列之间的协差异。这个对象有一个行矩阵的每一列在ES.mat插槽，并为每个协列在荟萃分析认为，无论协变量是否需要多个值，在此表示的研究ES.obj对象。




dep.grp Object of class integer representing the dependence group number assigned to the study.
dep.grpObject类的integer较依赖组号码分配的研究。


方法----------Methods----------




@ replace the slot entries
@替换插槽条目


参考文献----------References----------

Bioinformatics, 25(19):2619-2620.


举例----------Examples----------



###[＃]
###  See the metahdep package vignette for a full example [＃见metahdep包小插曲为一个完整的例子]
###[＃]
data(HGU.DifExp.list)
ES <- HGU.DifExp.list[[1]]
slotNames(ES)
head(ES@gn)
head(ES@ES.mat)
head(ES@Cov.mat)
ES@chip
ES@covariates
ES@dep.grp



转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。