R语言 MergeMaid包 intCor()函数中文帮助文档(中英文对照)

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intCor(MergeMaid)
intCor()所属R语言包：MergeMaid

                                        Correlation of Correlations
                                         的相关性的相关性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a mergeExpressionSet, this function calculates the study specific correlation matrices, and, for each gene, the correlation of
鉴于一个mergeExpressionSet，这个函数计算研究具体的相关矩阵，并为每个基因相关


用法----------Usage----------


   intCor(x,method= c("pearson", "spearman"),exact,...)



参数----------Arguments----------

参数：x
Object of class mergeExpressionSet.
对象类mergeExpressionSet。


参数：method
Method used to calculate correlation coefficient. If exact is TRUE, the available methods to use is "spearman" and "pearson"; If exact is FALSE, the available methods to use is "pearson".
使用的方法来计算相关系数。如果确切是TRUE，可用的方法使用的是“矛”和“培”，如果确切的是假的，可用的方法使用的是“培”。


参数：exact
If exact is TRUE, we use the standard method the calculate  the integrative correlation; If exact is FALSE, we use the approximate method the calculate.
如果准确的说是true，我们使用标准的方法计算综合相关，如果准确的说是假的，我们使用近似方法的计算。


参数：...
Not implemented at this time
此时不落实


Details

详情----------Details----------

Integrative correlation coefficients are calcualted as follows.  The first step is to identify the n genes common to all studies.
结合相关系数如下calcualted。第一步是要找出N基因的共同所有的研究。


值----------Value----------

The output is an object of class  mergeCor.
输出是一个类mergeCor的对象。


参见----------See Also----------

mergeCor-class,intcorDens
mergeCor-class，intcorDens


举例----------Examples----------



if(require(Biobase) & require(MASS)){
  data(mergeData)
  merged  <-mergeExprs(sample1,sample2,sample3)
  corcor  <-intCor(merged,method="spearman")
  
  plot(merged)
  hist(corcor)

  corcor  <-intCor(merged,method="pearson",exact=FALSE)
  corcor  <-intCor(merged[1:2])
  corcor  <-intCor(merged,exact=TRUE)

  vv<-c(1,3)
  corcor1  <-intCor(merged[vv])
  plot(merged,xlab="study A",ylab="study B",main="CORRELATION OF CORRELATION",col=3,pch=4)
  hist(corcor1,xlab="CORRELATION OF CORRELATION")
}  

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