R语言 MEDME包 MEDME.readFiles()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

MEDME.readFiles(MEDME)
MEDME.readFiles()所属R语言包：MEDME

                                         reading sgr or gff files for MEDME
                                         MEDME的SGR或GFF文件阅读

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

allows to read sgr or gff files before submitting the data to MEDME analysis
允许读前提交数据MEDME分析的SGR或GFF文件


用法----------Usage----------


MEDME.readFiles(path = getwd(), files = NULL, format, organism)



参数----------Arguments----------

参数：path
string; the path where the files are stored; the current working directory is the default  
字符串;文件存储的路径，当前工作目录是默认


参数：files
vector; optional vector of file names  
可选的向量;矢量文件名


参数：format
string; either sgr or gff to indicate the respective file formats  
字符串; SGR或GFF表明各自的文件格式


参数：organism
string; either hsa or mmu for homo sapiens and mus musculus respectively
字符串;要么HSA或MMU智人和亩家鼠分别


Details

详情----------Details----------

In case of GFF files (recommendend), tab-delimited files with header are expected with following fields: chromosome, probe ids, start and stop chromosomal positions, and score are expected in columns 1, 3, 4, 5 and 6 repectively. Multiple files are also expected to be in the same order of rows.
GFF文件（recommendend）的制表符分隔的文件头的情况下，预计以下领域：染色体，探针IDS，启动和停止染色体位置，得分列1，3，4，5和6 repectively预计。多个文件预计也将在相同的行的顺序。

In case of sgr files (GFF is the preferred format), tab-delimited files with no header and chr, chr positions and score are expected in columns 1, 2 and 3 repectively. Multiple files are also expected to be in the same order of rows.
在SGR文件（GFF是首选的格式），制表符分隔的文件没有头和chr，字符位置和得分的情况下，预计在1，2和3 repectively列。多个文件预计也将在相同的行的顺序。


值----------Value----------

An object of class MEDMEset. The column headers in the logR slot are determined from the file names. in case of SGR files the are not probe names and progressive numbers are used in place of them. In case of GFF files the probe names are determined from the 3rd column.
对象类MEDMEset。从文件名称列标题在logR槽决心。 SGR的文件的情况下，不探讨在他们使用的名称和进步数字。 GFF文件的情况下，探针名称确定从第三列。

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。