R语言 MEDIPS包 MEDIPS.plotCalibrationPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MEDIPS.plotCalibrationPlot(MEDIPS)
MEDIPS.plotCalibrationPlot()所属R语言包：MEDIPS

                                         Plots the results of the MEDIPS.calibrationCurve function.
                                         图的MEDIPS.calibrationCurve功能的结果。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Visualizes the dependency of raw MeDIP-Seq signals and CpG densities together with the results of the calcibration curve calculation.
可视化依赖原料MeDIP的SEQ信号和CpG密度连同计算的calcibration曲线的结果。


用法----------Usage----------


MEDIPS.plotCalibrationPlot(data=NULL, xrange=NULL, linearFit=FALSE, plot_chr="all", rpm=F, main=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：data
has to be a MEDIPS SET object  
是MEDIPS集对象


参数：xrange
The mean signal range of the calibration curve typically falls into a low signal range.  By setting the xrange parameter to e.g. 50, the calibration plot will only plot genomic bins associated with signals <=50.  Therefore, the effect of an increased CpG density to an increased signal can be better visualized, especially if the data contains genomic bins with high signals.  
校准曲线的平均信号范围通常分为低信号范围。 XRANGE参数设置到例如50，只会绘制校准曲线相关基因与信号<= 50箱。因此，增加的CpG密度的增加信号的效果可以更好的可视化，特别是如果数据包含基因组与高信号箱。


参数：rpm
can be either TRUE or FALSE. If set to TRUE, the signals will be transformed into reads per million (rpm) before plotted. The coupling values remain untouched.  
可以是TRUE或FALSE。如果设置为TRUE时，信号将被改造成每百万之前绘制（转）读取。耦合值保持不变。


参数：linearFit
When the parameter linearFit is set to TRUE, the plot contains the calculated linear curve that represents the dependency between signals and CpG densities.  
当参数linearFit设置为TRUE，该图包含计算的线性曲线，表示信号和CpG密度之间的依赖关系。


参数：plot_chr
default="all". Please don't forget to call a e.g. png("file.png") function before calling the plot command using "all" because R might not be able to plot the full amount of data in reasonable time. Alternatively, you can specify a selected chromosome (e.g. chr1).  Here, the plot_chr parameter only affects the plot and does not affect the MEDIPS SET.  
默认的“所有”。请不要忘记调用，例如PNG（“file.png）函数之前调用plot命令使用”所有“，因为R可能无法在合理的时间内绘制完整的数据量。另外，您可以指定选定染色体（如chr1）的。这里中，plot_chr参数只会影响的图和不影响MEDIPS集。


参数：main
The main parameter is the same as the main parameter for the plot() command. If it remains empty, the main header of the plot will be Calibration plot.  
主要参数作为图的主要参数（）命令是相同的。如果它仍然是空的，主要图头校准图。


值----------Value----------

The calibration plot will be visualized.
校准曲线将可视化。


作者（S）----------Author(s)----------



Lukas Chavez




举例----------Examples----------



library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
file=system.file("extdata", "MeDIP_hESCs_chr22.txt", package="MEDIPS")
CONTROL.SET = MEDIPS.readAlignedSequences(BSgenome="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", file=file)
CONTROL.SET = MEDIPS.genomeVector(data = CONTROL.SET, bin_size = 50, extend = 400)
CONTROL.SET = MEDIPS.getPositions(data = CONTROL.SET, pattern = "CG")
CONTROL.SET = MEDIPS.couplingVector(data = CONTROL.SET, fragmentLength = 700, func = "count")
CONTROL.SET = MEDIPS.calibrationCurve(data = CONTROL.SET)

MEDIPS.plotCalibrationPlot(data = CONTROL.SET, linearFit = TRUE, plot_chr = "chr22")

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