R语言 MEDIPS包 MEDIPS.normalize()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MEDIPS.normalize(MEDIPS)
MEDIPS.normalize()所属R语言包：MEDIPS

                                         Function that normalizes raw signals by local sequence pattern (e.g. CpG) densities.
                                         本地序列模式（例如CPG）密度的功能，规范化的原始信号。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The normalization function accesses the pre-calculated slope and intercept values derived from the MEDIPS.calibrationCurve function in order to weight the raw signals.  The relative methlyation score (rms) for the genomic bins is then defined by rms = x\((y-intercept)/slope), where x is the raw signal and y is the coupling factor of a genomic bin.  Based on the total number of regions within the MEDIPS SET, the rms values will be transformed into a reads per million format and afterwards transformed into the log2 scale. In order to make the rms values visualizable by common genome browsers, MEDIPS transforms its resulting data range into the consistent interval [0, 1000] before finally stored.
标准化的函数访问预先计算的坡度和派生截距值从MEDIPS.calibrationCurve功能的以体重的原始信号。 RMS = X \（（y-截距）/斜坡），其中x是原始信号和y是耦合因子的基因组斌的相对methlyation得分基因箱（RMS）是定义。有效值基于区域内MEDIPS集的总数，将转化为每百万格式的读取和事后转化成的log2规模。为了使共同的基因组浏览器的可视化的有效值，MEDIPS转换成其产生的数据范围一致区间[0，1000]前最后存储。


用法----------Usage----------


MEDIPS.normalize(data = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：data
has to be a MEDIPS SET object  
是MEDIPS集对象


值----------Value----------

The slot of the stated MEDIPS SET object associated to the rms values will be occupied afterwards.
事后规定MEDIPS设置相关对象有效值插槽将占用。


作者（S）----------Author(s)----------



Lukas Chavez




举例----------Examples----------



library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
file=system.file("extdata", "MeDIP_hESCs_chr22.txt", package="MEDIPS")
CONTROL.SET = MEDIPS.readAlignedSequences(BSgenome="BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", file=file)
CONTROL.SET = MEDIPS.genomeVector(data = CONTROL.SET, bin_size = 50, extend = 400)
CONTROL.SET = MEDIPS.getPositions(data = CONTROL.SET, pattern = "CG")
CONTROL.SET = MEDIPS.couplingVector(data = CONTROL.SET, fragmentLength = 700, func = "count")
CONTROL.SET = MEDIPS.calibrationCurve(data = CONTROL.SET)

CONTROL.SET = MEDIPS.normalize(data = CONTROL.SET)

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