R语言 mBPCR包 estProfileWithMBPCR()函数中文帮助文档(中英文对照)

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estProfileWithMBPCR(mBPCR)
estProfileWithMBPCR()所属R语言包：mBPCR

                                        Estimate and print the copy number profile of some chromosomes of a sample
                                         估计和打印的一些样品染色体拷贝数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to estimate the copy number profile with a piecewise constant function using mBPCR. Eventually, it is possible to estimate the profile with a smoothing curve, using either the Bayesian Regression Curve with K_2 (BRC with K_2) or the Bayesian Regression Curve Averaging over k (BRCAk). It is also possible to choose the estimator of the variance of the levels rhoSquare (i.e. either \hat{ρ}_1^2 or \hat{ρ}^2) and by default \hat{ρ}_1^2 is used.
函数来估计与分段常数使用mBPCR功能的拷贝数配置文件。最终，它是可能的，估计与平滑的曲线轮廓，使用贝叶斯回归曲线与K_2（商业登记证与K_2）或贝叶斯回归曲线，平均超过K（BRCAk）。它也可以选择水平的方差估计rhoSquare（即：要么\hat{ρ}_1^2或\hat{ρ}^2）和默认的\hat{ρ}_1^2使用。


用法----------Usage----------


  estProfileWithMBPCR(snpName, chr, position, logratio, chrToBeAnalyzed, maxProbeNumber,
                      rhoSquare=NULL, kMax=50, nu=NULL, sigmaSquare=NULL, typeEstRho=1, regr=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：snpName
array containing the name of each probe
每个探测器的名称的数组，其中包含


参数：chr
array containing the name of the chromosome to which each of the probes belongs. The possible values of the elements of chr are: the integers from 1 to 22, 'X' and 'Y'.
数组，包含名称，每个探针属于染色体。可能的chr元素值是：从1到22的整数，“X”和“Y”。


参数：position
array containing the physical position of each probe
数组，其中包含每个探针的物理位置


参数：logratio
array containing the log2ratio of the raw copy number data
数组，其中包含的原始拷贝数数据log2ratio


参数：chrToBeAnalyzed
array containing the name of the chromosomes that the user wants to analyze. The possible values of the chromosomes are: the integers from 1 to 22, 'X' and 'Y'.
数组，包含染色体的名称，用户要分析。染色体可能的值是：从1到22的整数，“X”和“Y”。


参数：maxProbeNumber
maximum number of probes that a chromosome (or arm of a chromosome) can have to be analyzed. The procedure of profile estimation needs the computation of an array of length (length(chromosome)+1)*(length(chromosome)+2)/2. To be sure to have set this parameter correctly, try to create the array A <- array(1, dim=(maxProbeNumber+1)*(maxProbeNumber+2)/2), before starting with the estimation procedure.
探针染色体（或染色体臂）进行分析的最大数量。个人资料估计的过程，需要计算数组的长度(length(chromosome)+1)*(length(chromosome)+2)/2。要确保已正确设置此参数，尝试创建数组A <- array(1, dim=(maxProbeNumber+1)*(maxProbeNumber+2)/2)之前，估计程序的开始。


参数：rhoSquare
variance of the segment levels. If rhoSquare=NULL, then the algorithm estimates it on the sample.
段水平的差异。如果rhoSquare=NULL，然后算法估计样品。


参数：kMax
maximum number of segments
段的最大数量


参数：nu
mean of the segment levels. If nu=NULL, then the algorithm estimates it on the sample.
指段的水平。如果nu=NULL，然后算法估计样品。


参数：sigmaSquare
variance of the noise. If sigmaSquare=NULL, then the algorithm estimates it on the sample.
噪声方差。如果sigmaSquare=NULL，然后算法估计样品。


参数：typeEstRho
choice of the estimator of rhoSquare. If typeEstRho=1, then the algorithm estimates rhoSquare  with \hat{&rho;}_1^2, while if typeEstRho=0, it estimates rhoSquare with \hat{&rho;}^2.
rhoSquare估计的选择。如果typeEstRho=1，然后算法估计rhoSquare用\hat{&rho;}_1^2，而typeEstRho=0如果，估计rhoSquare\hat{&rho;}^2。


参数：regr
choice of the computation of the regression curve. If regr=NULL, then the regression curve is not computed,  if regr="BRC" the Bayesian Regression Curve is computed (BRC with K_2), if regr="BRCAk" the Bayesian  Regression Curve Averaging over k is computed (BRCAk).
计算回归曲线的选择。如果regr=NULL，然后回归曲线没有计算，如果regr="BRC"贝叶斯回归曲线计算（商业登记证与K_2），如果regr="BRCAk"贝叶斯回归曲线，平均在K计算机（BRCAk）。


Details

详情----------Details----------

By default, the function estimates the copy number profile with mBPCR and estimating rhoSquare on the sample, using \hat{&rho;}_1^2. It is also possible to use \hat{&rho;}^2 as estimator of rhoSquare, by setting typeEstRho=0, or to directly set the value of the parameter.
默认情况下，功能估计与mBPCR副本数量的个人资料和样品rhoSquare估计，使用\hat{&rho;}_1^2。它也可以使用\hat{&rho;}^2估计rhoSquare，通过设置typeEstRho=0，或直接设置的参数值。

The function gives also the possibility to estimate the profile with a Bayesian regression curve: if regr="BRC" the Bayesian Regression Curve with K_2 is computed (BRC with K_2), if regr="BRCAk" the Bayesian  Regression Curve Averaging over k is computed (BRCAk).   
该功能也给的可能性估计与贝叶斯回归曲线轮廓：如果regr="BRC"K_2贝叶斯回归曲线是计算机，如果K_2（regr="BRCAk"，BRC）贝叶斯回归曲线，平均在K计算机（BRCAk）。

See function writeEstProfile, to have the results in nicer tables or to write them on files.
看到功能writeEstProfile，有更好的表中的结果，或写上这些文件。


值----------Value----------

A list containing:
一份列表，列出：


参数：<code>estPC</code>
an array containing the estimated profile with mBPCR
含有的估计mBPCR轮廓数组


参数：<code>estBoundaries</code>
the list of estimated breakpoints for each of the analyzed chomosomes
为每个的分析chomosomes的估计断点列表


参数：<code>postProbT</code>
the list of the posterior probablity to be a breakpoint for each estimated breakpoint of the analyzed chomosomes
预计每个分析chomosomes的断点断点的后probablity名单


参数：<code>regrCurve</code>
an array containing the estimated bayesian regression curve
一个数组，包含估计贝叶斯回归曲线

estPC and regrCurve have the same length of logratio, hence their components,  corresponding to the not analyzed chromosomes, are equal to NA.
estPC和regrCurve的logratio长度相同，因此它们的组件，对应的不是分析的染色体，等于NA的。


参考文献----------References----------

Bayesian DNA copy number analysis.  BMC Bioinformatics 10: 10. http://www.idsia.ch/~paola/mBPCR  

参见----------See Also----------

plotEstProfile, writeEstProfile, computeMBPCR
plotEstProfile，writeEstProfile，computeMBPCR


举例----------Examples----------


##import the 10K data of cell line REC  [＃导入单元株拍摄10K数据]
data(rec10k)
##estimation of the profile of chromosome 5[＃5号染色体的轮廓估计]
results <- estProfileWithMBPCR(rec10k$SNPname, rec10k$Chromosome, rec10k$PhysicalPosition, rec10k$log2ratio, chrToBeAnalyzed=5, maxProbeNumber=2000)
##plot the estimated profile of chromosome 5[＃绘制5号染色体的估计概况]
y <- rec10k$log2ratio[rec10k$Chromosome == 5]
p <- rec10k$PhysicalPosition[rec10k$Chromosome == 5]
plot(p, y)
points(p, results$estPC[rec10k$Chromosome == 5], type='l', col='red')

###for the estimation of the profile of all chromosomes[＃为所有的染色体资料估计]
#results &lt;- estProfileWithMBPCR(rec10k$SNPname, rec10k$Chromosome, rec10k$PhysicalPosition, rec10k$log2ratio, chrToBeAnalyzed=c(1:22,'X'), maxProbeNumber=2000)[结果< -  estProfileWithMBPCR（rec10k美元SNPname，rec10k美元染色体，rec10k美元PhysicalPosition，rec10k美元log2ratio，chrToBeAnalyzed = C（1:22，“X”），maxProbeNumber = 2000）]


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