R语言 MBCB包 mbcb.main()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mbcb.main(MBCB)
mbcb.main()所属R语言包：MBCB

                                        MBCB - Model-Based Background Correction for Illumina Beadarray
                                         MBCB  -  Illumina公司Beadarray基于模型的背景校正

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is the main function which incorporates all the others. This should be the most straightforward and autonomous function in the MBCB package.<br>
这其中包括所有其他主要功能。这应该是最直接和自治功能在MBCB包。参考


用法----------Usage----------


mbcb.main (signal,
  control,
  npBool=TRUE,
  rmaBool=FALSE,
  mleBool=FALSE,
  bayesBool=FALSE,
  gmleBool=FALSE,
  paramEstFile="param-est",
  bgCorrectedFile="bgCorrected",
  iter=500,
  burn=200,
  normMethod="none",
  isRawBead=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：signal
The data representing the signal file.  
代表信号文件的数据。


参数：control
The data representing the control file.  
代表控制文件的数据。


参数：npBool
A boolean value representing the desire to compute the non-parametric background correction values.  
一个布尔值，表示的愿望来计算非参数校正背景值。


参数：rmaBool
A boolean value representing the desire to compute the RMA background correction values.  
一个布尔值，表示的愿望来计算的RMA校正背景值。


参数：mleBool
A boolean value representing the desire to compute the MLE background correction values.  
一个布尔值，代表愿望计算MLE的背景修正值。


参数：bayesBool
A boolean value representing the desire to compute the Bayes background correction values.  
一个布尔值来计算贝叶斯校正背景值代表的愿望。


参数：gmleBool
A boolean value representing the desire to compute the GMLE background correction values.  
一个布尔值，代表愿望计算的GMLE的背景修正值。


参数：paramEstFile
The base file name to which suffixes and a file extension will be appended (i.e. 'C:/output'). These files will store the parameter estimates of each background correction method selected.  
基本文件名后缀和文件扩展名，将被追加（即“C :/输出”）。这些文件将存储每个选择的背景校正方法的参数估计。


参数：bgCorrectedFile
The base file name to which suffixes and a file extension will be appended (i.e. 'C:/output'). These files will store the background corrected intensities  
基本文件名后缀和文件扩展名，将被追加（即“C :/输出”）。这些文件将存储的背景校正强度


参数：iter
The iteration count; only used in Bayesian correction.  
迭代次数;仅用于贝叶斯校正。


参数：burn
The number of iterations which will be burned; only used in Bayesian correction.  
迭代次数将被烧毁，仅用于贝叶斯校正。


参数：normMethod
The normalization method to be used. By default, none will be applied. The choices are:<br> <VAR>none</VAR> - no normalization will be applied.<br> <VAR>quant</VAR> - Quantile-Quantile normalization will be applied (requires the affy and affyio packages be present).<br> <VAR>median</VAR> - Median or Global normalization will be applied.
要使用的规范化方法。默认情况下，没有人会被应用。的选择是：参考<VAR>没有</ VAR的 - 没有标准化，将应用参考<VAR>定量</ VAR的 - 位数，位数标准化将应用于（需要的affy和affyio包存在。 ）参考<VAR>中位数</ VAR的>  - 将适用于中位数或全球标准化。


参数：isRawBead
A boolean value representing whether the input files are bead-level or bead-type. If the input is bead-level, set this value to True so that the raw bead-level values can be summarized to bead-type data.
一个布尔值，表示是否输入文件珠或珠型。如果输入的是珠，将此值设置为True，使原料珠值可以概括珠类型的数据。


值----------Value----------

The function will compute and output log2-tranformed values for the desired background correction methods. Rather than returning this data as R objects, the output is written to files based on the names given in <VAR>paramEstFile</VAR> and <VAR>bgCorrectedFile</VAR>.
该函数将计算和输出log2 tranformed值所需的背景校正方法。 R对象返回数据，而不是被写入输出文件根据在<VAR> paramEstFile的名称，</无功>和<VAR> bgCorrectedFile </ VAR的。


注意----------Note----------

You can use mbcb.parseFile to create the signal and control matrices from the given files.
你可以使用mbcb.parseFile创建从给定文件的信号和控制矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


Yang Xie <a href="mailto: Yang.Xie@UTSouthwestern.edu"> Yang.Xie@UTSouthwestern.edu</a>, Min Chen <a href="mailto: min.chen@phd.mccombs.utexas.edu"> min.chen@phd.mccombs.utexas.edu</a>, Jeff Allen <a href="mailto: Jeffrey.Allen@UTSouthwestern.edu"> Jeffrey.Allen@UTSouthwestern.edu</a>



参见----------See Also----------

mbcb.correct mbcb.parseFile
mbcb.correctmbcb.parseFile


举例----------Examples----------


  data(MBCBExpressionData)
  #Use of global variables is obviously not ideal, but with R's pass-by-value [使用全局变量显然是不理想，但与R的价值传递]
  #   setup, we quickly run out of memory without using them on such large [设置，我们快速运行的内存，而无需使用他们如此大的]
  #   arrays[阵列]

  mbcb.main(expressionSignal, negativeControl);

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