R语言 MassSpecWavelet包 peakDetectionCWT()函数中文帮助文档(中英文对照)

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peakDetectionCWT(MassSpecWavelet)
peakDetectionCWT()所属R语言包：MassSpecWavelet

                                         The main function of peak detection by CWT based pattern matching
                                         CWT的基于模式匹配的峰值检测的主要功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is a wrapper of cwt, getLocalMaximumCWT, getRidge, identifyMajorPeaks
这个函数是一个包装cwt，getLocalMaximumCWT，getRidge，identifyMajorPeaks


用法----------Usage----------


peakDetectionCWT(ms, scales = c(1, seq(2, 30, 2), seq(32, 64, 4)), SNR.Th = 3, nearbyPeak = TRUE, peakScaleRange = 5, amp.Th = 0.01, minNoiseLevel = amp.Th/SNR.Th, ridgeLength = 24, peakThr=NULL, tuneIn = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：ms
the mass spectrometry spectrum  
质谱谱


参数：scales
scales of CWT  
尺度小波变换


参数：SNR.Th
SNR (Signal to Noise Ratio) threshold
SNR（信噪比）的阈值


参数：nearbyPeak
Determine whether to include the nearby small peaks of major peaks. TRUE by default
确定是否包括重大峰附近的小峰。 TRUE，默认情况下，


参数：peakScaleRange
the scale range of the peak. larger than 5 by default.  
量程的峰值。默认情况下，大于5。


参数：amp.Th
the minimum required relative amplitude of the peak (ratio to the maximum of CWT coefficients)  
所需的最低相对振幅的峰值（比小波变换系数最大）


参数：minNoiseLevel
the minimum noise level used in computing the SNR  
用于计算信噪比的最低噪音水平


参数：ridgeLength
the minimum highest scale of the peak in 2-D CWT coefficient matrix  
最低最高规模的高峰期的2-D小波变换系数矩阵


参数：peakThr
Minimal absolute intensity (above the baseline) of peaks to be picked. If this value is provided, then the smoothing function sav.gol will be called to estimate the local intensity.(added based on the suggestion and code of Steffen Neumann)
峰的绝对强度最小（基线以上）将回升。如果此值，然后平滑功能sav.gol会被称为估计当地的强度。（斯特芬·诺伊曼的建议和代码的基础上补充）


参数：tuneIn
determine whether to tune in the parameter estimation of the detected peaks  
决定是否调整在检测峰的参数估计


参数：...
other parameters used by identifyMajorPeaks and smoothing function sav.gol  
其他参数identifyMajorPeaks和平滑功能sav.gol


值----------Value----------


参数：majorPeakInfo
return of identifyMajorPeaks
返回identifyMajorPeaks


参数：ridgeList
return of getRidge
返回getRidge


参数：localMax
return of getLocalMaximumCWT  
返回getLocalMaximumCWT


参数：wCoefs
2-D CWT coefficient matrix, see cwt for details.
二维小波变换系数矩阵，看到cwt详情。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du, Simon Lin



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

cwt, getLocalMaximumCWT, getRidge, identifyMajorPeaks
cwt，getLocalMaximumCWT，getRidge，identifyMajorPeaks


举例----------Examples----------


        data(exampleMS)
        SNR.Th <- 3
        peakInfo <- peakDetectionCWT(exampleMS, SNR.Th=SNR.Th)
        majorPeakInfo = peakInfo$majorPeakInfo
        peakIndex <- majorPeakInfo$peakIndex
        plotPeak(exampleMS, peakIndex, main=paste('Identified peaks with SNR >', SNR.Th))
       
        ## In some cases, users may want to add peak filtering based on the absolute peak amplitude[＃在某些情况下，用户可能要添加基础上的绝对峰值振幅的峰值滤波]
        peakInfo <- peakDetectionCWT(exampleMS, SNR.Th=SNR.Th, peakThr=500)
        majorPeakInfo = peakInfo$majorPeakInfo
        peakIndex <- majorPeakInfo$peakIndex
        plotPeak(exampleMS, peakIndex, main=paste('Identified peaks with SNR >', SNR.Th))        

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