R语言 MassSpecWavelet包 getRidge()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getRidge(MassSpecWavelet)
getRidge()所属R语言包：MassSpecWavelet

                                        Identify ridges based on the local maximum matrix
                                         在当地最大的矩阵识别基于脊

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Identify ridges by connecting the local maximum of 2-D CWT coefficients from the coarse scale to detail scale. The local maximum matrix is returned  from getLocalMaximumCWT
识别连接本地最大的2-D小波变换系数从粗具规模的详细规模的山脊。当地最大的矩阵，则返回从getLocalMaximumCWT


用法----------Usage----------


getRidge(localMax, iInit = ncol(localMax), step = -1, iFinal = 1, minWinSize= 5, gapTh = 3, skip = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：localMax
The local maximum matrix is returned  from getLocalMaximumCWT with 1 represents maximum, others are 0.  
当地最大矩阵从getLocalMaximumCWT返回1表示最大，其他都是0。


参数：iInit
The start column to search ridge. By default, it starts from the coarsest scale level.
开始列搜寻脊。默认情况下，它开始从粗糙的规模水平。


参数：step
Search step. -1 by default, which means searching from coarse scale to detail scale column by column.  
搜索步骤。默认情况下，-1，这意味着搜索详细规模列列从粗具规模。


参数：iFinal
The final column index of search ridge.  
搜索脊的最后一列指数。


参数：minWinSize
The minimum slide window size used.  
用最小的滑动窗口大小。


参数：gapTh
The gap allowed during searching for ridge. 3 by default.  
差距允许在脊寻找。 3默认。


参数：skip
The column to be skipped during search.  
在搜索过程中可以跳过列。


值----------Value----------

Return a list of ridge. As some ridges may end at the scale larger than 1, in order to keep the uniqueness of the ridge names, we combined the smallest scale of the ridge and m/z index of the peak at that scale together to name the ridges. For example the ridge name "1\_653" means the peak ridge ends at the CWT scale 1 with m/z index 653 at scale 1.
返回脊名单。正如一些脊可能最终在规模大于1，为了保持脊名称的唯一性，我们结合脊和规模一起命名的脊峰的m / z指数的最小规模。例如脊名称“1 \ _653”指的峰脊，在m / z为指数653 CWT的规模与规模1 1结束。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du, Simon Lin



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

getLocalMaximumCWT, identifyMajorPeaks
getLocalMaximumCWT，identifyMajorPeaks


举例----------Examples----------


        data(exampleMS)
        scales <- seq(1, 64, 3)
        wCoefs <- cwt(exampleMS[5000:11000], scales=scales, wavelet='mexh')
       
        localMax <- getLocalMaximumCWT(wCoefs)
        ridgeList <- getRidge(localMax)
        plotRidgeList(ridgeList)

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