R语言 MassArray包 plot.MassArrayData()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot.MassArrayData(MassArray)
plot.MassArrayData()所属R语言包：MassArray

                                         Plot MassArrayData
                                         图MassArrayData

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to generate graphical output for methylation data in a MassArrayData object
函数生成的甲基化数据的图形输出MassArrayData对象


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'MassArrayData'
plot(x, ..., collapse = TRUE, bars = TRUE, scale = TRUE, sequence = TRUE, labels = TRUE, colors = TRUE, main = position(x), width = 1.5)



参数----------Arguments----------

参数：x
Object of class MassArrayData  
对象类MassArrayData


参数：...
Other arguments to plot, currently not supported at this time  
其他图的论据，目前不支持在这个时候


参数：collapse
Logical specifying whether or not to combine samples by unique group (see MassArrayData). If TRUE, each methylation values are averaged across all samples in each unique group. If FALSE, all samples are retained and plotted individually  
逻辑指定是否结合独特group样本（见MassArrayData）。如果TRUE，每个甲基化值的平均值在所有样品中的每一个独特的群体。如果FALSE，所有样品保留单独绘制


参数：bars
Logical specifying whether or not to display error bars. If TRUE (and collapse is TRUE), the median absolute deviation is calculated for each group and plotted as an error bar for each methylation value. If FALSE, no error bars are displayed
逻辑指定是否显示错误条形。如果TRUE（collapse是TRUE），中位数绝对偏差为每个组计算，并为每个甲基化值的误差棒绘制。如果FALSE，没有错误的条形显示


参数：scale
Logical specifying whether or not to keep the x axis to scale.  If TRUE, methylation values are plotted as a function of relative position within the amplicon sequence. If FALSE, positional information is ignored and methylation values are evenly spaced across the plot window.
逻辑指定是否要保持x轴缩放。如果TRUE，甲基值绘制的相对位置在扩增序列的功能。如果FALSE，位置信息将被忽略，甲基值均匀地分布在绘图窗口的间隔。


参数：sequence
Logical specifying whether or not to display the nucleotide sequence for the amplicon  
逻辑指定是否显示核苷酸序列的扩增


参数：labels
Logical specifying whether or not to display data labels  
逻辑指定是否显示数据标签


参数：colors
Logical specifying whether or not to plot in color.  If TRUE, colors are used.  If FALSE, plotting occurs in black and white and grayscale.  
逻辑指定是否绘制颜色。如果TRUE，颜色使用。如果FALSE，绘制发生在黑白和灰度。


参数：main
Label/title for overall plot (default is ""  
整体图的标题/标签（默认为""


参数：width
Numerical value specifying the display width to use for each methylation value; number corresponds to the number of base pairs to include in both directions from the methylation position (default is 1.5)
指定使用每个甲基化值的显示宽度的数值;数量对应的碱基对的数量，包括甲基化的位置，从两个方向（默认为1.5）


作者（S）----------Author(s)----------


Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>), John M. Greally (<a href="mailto:jgreally@aecom.yu.edu">jgreally@aecom.yu.edu</a>)



参见----------See Also----------

See Also MassArrayData
另见MassArrayData


举例----------Examples----------


data(MassArray.example.data)
plot(MassArray.example.data,collapse=FALSE,bars=FALSE,scale=FALSE)

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