R语言 MassArray包 convControl()函数中文帮助文档(中英文对照)

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convControl(MassArray)
convControl()所属R语言包：MassArray

                                         Conversion control
                                         变频控制

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to identify all potential conversion controls in a given input sequence, for a given list of fragments
功能，以确定在给定的输入序列的所有潜在的转换控制给定列表中的片段，


用法----------Usage----------


convControl(sequence, fragmentation, multiple = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：sequence
Nucleotide sequence input as a character string  
核苷酸序列输入字符串


参数：fragmentation
List of MassArrayFragment objects corresponding to the fragmentation pattern of the sequence input  
相应的破碎化格局中的序列输入MassArrayFragment对象名单


参数：multiple
Logical value specifying whether or not to include multiple CGs on the same conversion control fragment where possible (default is FALSE).  
逻辑值，指明是否包括多个相同的转换控制片段，在可能的情况下（默认为FALSE）CGS。


Details

详情----------Details----------

Potential conversion controls are identified from the nucleotide sequence input through pattern recognition of fragments that contain non-CG cytosines. Any conversion controls that contain CG dinucleotides or have a molecular weight outside of the usable mass window are screened out.  Additionally, conversion controls that are located in identified primer sequence or have molecular weight overlap with other fragments are removed from consideration.  Lastly, if the consideration of the fragment as a conversion control will cause new molecular weight overlap(s) with one or more other fragments, the control is also removed from consideration.
通过模式识别的片段，包含非CG胞嘧啶核苷酸序列输入识别潜在的转换控制。筛选出任何转换控件包含的CG二核苷酸或有可用的质量窗口以外的分子量。此外，位于确定的引物序列或与其他片段的分子量重叠的转换控件从审议。最后，如果片段作为转换控制的考虑，将导致新分子量重叠（S）与其他一个或多个片段，控制也从审议。


值----------Value----------

Returns a list of MassArrayFragment objects identical to the input, with the exception that conversion controls are labeled and updated accordingly.
返回一个输入相同MassArrayFragment对象的名单，与转换控制标记和相应的更新异常。


作者（S）----------Author(s)----------


  Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>), John M. Greally (<a href="mailto:jgreally@aecom.yu.edu">jgreally@aecom.yu.edu</a>)



参见----------See Also----------

See Also as MassArrayFragment
另见MassArrayFragment


举例----------Examples----------


data(MassArray.example.data)
MassArray.example.data$fragments.T[[54]]
conversion.data <- convControl(MassArray.example.data$sequence, MassArray.example.data$fragments.T)
conversion.data[[54]]

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