R语言 MassArray包 analyzeCpGs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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analyzeCpGs(MassArray)
analyzeCpGs()所属R语言包：MassArray

                                         Analyze CG methylation
                                         企业管治的甲基化分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to determine percent methylation for all CGs from input fragmentation
功能，以确定所有CGS％甲基输入碎片


用法----------Usage----------


analyzeCpGs(fragments, peaks, method = c("weighted", "proportion"))



参数----------Arguments----------

参数：fragments
List of MassArrayFragment objects  
MassArrayFragment对象名单


参数：peaks
List of MassArrayPeak objects comprising spectral data for a given assay
MassArrayPeak对象的名单，其中包括对于一个给定的实验光谱数据


参数：method
Specifies which algorithm to use when calculating percent methylation (either "weighted" or "proportion")  
指定使用时，计算％的甲基化（无论是“加权”或“比例”的算法）


Details

详情----------Details----------

Wrapper function for calcMeth(), takes fragmentation pattern and spectral data as input and applies percent methylation calculation for all CG-containing, non conversion control fragments
包装的功能calcMeth()，破碎化格局和光谱数据作为输入，并适用于所有的CG中，非变频控制片段％甲基计算


值----------Value----------

Returns a list of numerical values corresponding to percent methylation for each CG dinucleotide, with 0
返回一个数值的列表对应％为每个CG二核苷酸甲基化，其中0


作者（S）----------Author(s)----------


  Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>), John M. Greally (<a href="mailto:jgreally@aecom.yu.edu">jgreally@aecom.yu.edu</a>)



参见----------See Also----------

See Also calcMeth
另见calcMeth


举例----------Examples----------


data(MassArray.example.data)
cpg.data <- analyzeCpGs(MassArray.example.data$fragments.T, MassArray.example.data$samples[[1]]$peaks, method="weighted")
barplot(cpg.data, xlab="CpG (Number)", ylim=c(0,1), ylab="Methylation (Percent)")

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