read.Galfile(marray)
read.Galfile()所属R语言包:marray
Reading GenePix Gal file
阅读GenePix加尔文件
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Reading a standard Gal file containing gene information.
阅读标准GAL文件,其中包含的基因信息。
用法----------Usage----------
read.Galfile(galfile, path = ".", info.id = c("ID", "Name"),
layout.id =c(Block="Block", Row="Row", Column="Column"),
labels = "ID", notes = "", sep = "\t", skip = NULL, ncolumns=4, ...)
参数----------Arguments----------
参数:galfile
a character string representing the Gal file.
一个字符的字符串,代表加尔文件。
参数:path
a character string representing the data directory. By default this is set to the current working directory (".").
一个字符串,代表数据目录。默认情况下,这是设置为当前工作目录(“。”)。
参数:info.id
the column numbers or names in "fname" that contain the required information.
FName参数,包含所需信息的列号或名称。
参数:layout.id
the column names in "fname" that specified the printer layout information.
在“FName参数指定打印机的布局信息的列名。
参数:labels
the column number in fname which contains the names that the user would like to use to label spots or arrays (e.g. for default titles in maPlot.
fname这列数中包含的名字,想用户所使用标签斑点或阵列(默认的标题,例如maPlot。
参数:notes
object of class character, vector of explanatory text
字符类的对象,解释性文字向量
参数:sep
the field separator character. Values on each line of the file are separated by this character. The default is to read a tab delimited file.
字段分隔符。文件的每一行的值是通过这个角色分离。默认是读取一个制表符分隔的文件。
参数:skip
the number of lines of the data file to skip before beginning to read data.
行的数据文件数量开始读取数据前跳过。
参数:ncolumns
an integer representing the number of columns of sub-array (print-tips) on a slides.
一个整数,表示子数组的列数上的幻灯片(打印提示)。
参数:...
further arguments to scan.
scan进一步的论据。
值----------Value----------
参数:gnames
An object of class marrayInfo.
对象类marrayInfo。
参数:layout
An object of class marrayLayout.
对象类marrayLayout。
作者(S)----------Author(s)----------
Yee Hwa (Jean) Yang
参见----------See Also----------
read.marrayInfo, read.marrayLayout
read.marrayInfo,read.marrayLayout
举例----------Examples----------
library(marray)
datadir <- system.file("swirldata", package="marray")
try <- read.Galfile(galfile="fish.gal", path=datadir)
names(try)
try$layout
try$gnames
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