R语言 marray包 plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot(marray)
plot()所属R语言包：marray

                                        Scatter-plots for cDNA microarray spot statistics
                                         cDNA微阵列点统计的分散图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function maPlot or plot produces scatter-plots of microarray spot statistics for the classes "marrayRaw", "marrayNorm". It also allows the user to highlight and annotate subsets of points on the plot, and display fitted curves from
函数maPlot或plot产生的类的分散图的芯片现货统计"marrayRaw"，"marrayNorm"。它也允许用户突出显示并标注在图上点的子集，并显示拟合曲线


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'marrayRaw'
plot(x, xvar = "maA", yvar = "maM", zvar="maPrintTip", lines.func,text.func,legend.func, ...)
## S3 method for class 'marrayNorm'
plot(x, xvar = "maA", yvar = "maM", zvar="maPrintTip", lines.func,text.func,legend.func, ...)
addText(object, xvar="maA", yvar="maM", subset=NULL, labels=as.character(1:length(subset)), ...)
addPoints(object, xvar="maA", yvar="maM", subset=TRUE, ...)
addLines(object, xvar="maA", yvar="maM", zvar="maPrintTip", subset=TRUE, ...)
## S4 method for signature 'marrayRaw'
text(x, xvar = "maA", yvar = "maM", ...)
## S4 method for signature 'marrayNorm'
text(x, xvar = "maA", yvar = "maM", ...)
## S4 method for signature 'marrayRaw'
lines(x, xvar = "maA", yvar = "maM", zvar = "maPrintTip", ...)
## S4 method for signature 'marrayNorm'
lines(x, xvar = "maA", yvar = "maM", zvar = "maPrintTip",...)
## S4 method for signature 'marrayRaw'
points(x, xvar = "maA", yvar = "maM", ...)
## S4 method for signature 'marrayNorm'
points(x, xvar = "maA", yvar = "maM", ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
Microarray object of class "marrayRaw", "marrayNorm".
芯片对象的类"marrayRaw"，"marrayNorm"。


参数：object
Microarray object of class "marrayRaw", "marrayNorm".
芯片对象的类"marrayRaw"，"marrayNorm"。


参数：xvar
Name of accessor function for the abscissa spot statistic, typically a slot name for the microarray object x, such as maA.
横坐标现场统计，芯片对象x如maA的，通常是一个插槽名称存取函数的名称。


参数：yvar
Name of accessor function for the ordinate spot statistic, typically a slot name for the microarray object x, such as maM.
存取函数的名称为坐标点的统计，芯片对象x如maM的，通常是一个插槽名称。


参数：zvar
Name of accessor method for the spot statistic used to stratify the data, typically a slot name for the microarray layout object (see "marrayLayout") such as maPlate or a method such as maPrintTip. If zvar is NULL, the data are not stratified.
存取方法的名称，用于分层的数据，典型的芯片布局对象插槽名称（见"marrayLayout"）maPlate如maPrintTip方法等。当场统计如果zvarNULL，数据是不分层。


参数：lines.func
Function for computing and plotting smoothed fits of y as a function of x, separately within values of zvar, e.g. maLoessLines. If lines.func is NULL, no fitting is performed.
平滑的计算和绘图功能适合y作为x的函数，分别在zvar，如值maLoessLines。如果lines.func是NULL，没有接头进行。


参数：text.func
Function for highlighting a subset of points, e.g., maText. If text.func is NULL, no points are highlighted.
功能点的一个子集，例如，maText突出。 text.func如果是NULL，没有点突出。


参数：legend.func
Function for adding a legend to the plot,  e.g. maLegendLines. If legend.func is NULL, there is no legend.
一个传奇的图，例如功能maLegendLines。如果legend.func是NULL，有没有传说中。


参数：subset
logical vector or numeric values indicating the subset of points to be plotted.
绘制逻辑的向量或数值，表示点的子集。


参数：labels
One or more character strings or expressions specifying the text to be written.
一个或多个字符串或表达式，指定要写入的文本。


参数：...
Optional graphical parameters, see par.
可选的图形参数，请参阅par。


Details

详情----------Details----------

This function calls the general function maPlot.func, which is not specific to microarray data. If there are more than one array in the batch, the plot is done for the first array, by default. Default graphical parameters are chosen for convenience using the function maDefaultPar (e.g. color palette,  axis labels,  plot title) but the user has the option to overwrite these parameters at any point.
此函数调用的一般功能maPlot.func，这是不特定的微阵列数据。如果有多个批次的阵列，该图为第一个数组，默认情况下。为方便使用的功能选择默认的图形参数maDefaultPar（如调色板，轴标签，图标题），但用户在任何时候，这些参数选项覆盖。


作者（S）----------Author(s)----------


Jean Yee Hwa Yang



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

maPlot.func, maDefaultPar, maLoessLines, maLegendLines, maText, plot, lowess, loess, legend.
maPlot.func，maDefaultPar，maLoessLines，maLegendLines，maText，plot，lowess，loess，legend。


举例----------Examples----------


# To see the demo type demo(marrayPlots)[看到演示型演示（marrayPlots）]

# Examples use swirl dataset, for description type ? swirl[例子使用漩涡集，描述的类型？漩涡]
data(swirl)

# Pre-normalization MA-plot for the Swirl 93 array, with the lowess fits for [涡流93阵列标准化前主图LOWESS，适合]
# individual print-tip-groups. [个人打印头组。]
# - Default arguments[ - 默认参数]
plot(swirl[,3])

# Lowess fit using all spots[LOWESS适合使用的所有景点]
plot(swirl[,3], zvar=NULL, legend.func=NULL)

# Loess fit using all spots[黄土适合使用的所有景点]
plot(swirl[,3], zvar=NULL, legend.func=maLegendLines(legend="All spots",col="green"), lines.func=maLoessLines(loess.args=list(span=0.3),col="green"))

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