R语言 marray包 maPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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maPlot(marray)
maPlot()所属R语言包：marray

                                        Scatter-plots for cDNA microarray spot statistics
                                         cDNA微阵列点统计的分散图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function maPlot produces scatter-plots of microarray spot statistics for the classes "marrayRaw" and "marrayNorm". It also allows the user to highlight and annotate subsets of points on the plot, and display fitted curves from robust local regression or other smoothing procedures.
功能maPlot类"marrayRaw"和"marrayNorm"分散的芯片现货统计图。它也允许用户突出显示并标注在图上点的子集，并显示强大的局部回归的拟合曲线或其他平滑程序。


用法----------Usage----------


maPlot(m, x="maA", y="maM", z="maPrintTip", lines.func, text.func, legend.func, ...)



参数----------Arguments----------

参数：m
Microarray object of class "marrayRaw" and "marrayNorm".
芯片级"marrayRaw"和"marrayNorm"的对象。


参数：x
Name of accessor function for the abscissa spot statistic, typically a slot name for the microarray object m, such as maA.
横坐标现场统计，芯片对象m如maA的，通常是一个插槽名称存取函数的名称。


参数：y
Name of accessor function for the ordinate spot statistic, typically a slot name for the microarray object m, such as maM.
存取函数的名称为坐标点的统计，芯片对象m如maM的，通常是一个插槽名称。


参数：z
Name of accessor method for the spot statistic used to stratify the data, typically a slot name for the microarray layout object (see "marrayLayout") such as maPlate or a method such as maPrintTip. If z is NULL, the data are not stratified.
存取方法的名称，用于分层的数据，典型的芯片布局对象插槽名称（见"marrayLayout"）maPlate如maPrintTip方法等。当场统计z如果是NULL，数据不分层。


参数：lines.func
Function for computing and plotting smoothed fits of y as a function of x, separately within values of z, e.g. maLoessLines. If lines.func is NULL, no fitting is performed.
平滑的计算和绘图功能适合y作为x的函数，分别在z，如值maLoessLines。 lines.func如果是空的，没有进行装修。


参数：text.func
Function for highlighting a subset of points, e.g., maText. If text.func is NULL, no points are highlighted.
功能点的一个子集，例如，maText突出。 text.func如果是空的，没有点突出。


参数：legend.func
Function for adding a legend to the plot, e.g. maLegendLines. If legend.func is NULL, there is no legend.
一个传奇的图，例如功能maLegendLines。 legend.func如果是空的，没有传说。


参数：...
Optional graphical parameters, see par.
可选的图形参数，请参阅par。


Details

详情----------Details----------

This function calls the general function maPlot.func, which is not specific to microarray data. If there are more than one array in the batch, the plot is done for the first array, by default. Default graphical parameters are chosen for convenience using the function maDefaultPar (e.g. color palette,  axis labels,  plot title) but the user has the option to overwrite these parameters at any point.
此函数调用的一般功能maPlot.func，这是不特定的微阵列数据。如果有多个批次的阵列，该图为第一个数组，默认情况下。为方便使用的功能选择默认的图形参数maDefaultPar（如调色板，轴标签，图标题），但用户在任何时候，这些参数选项覆盖。


作者（S）----------Author(s)----------


Sandrine Dudoit, <a href="http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine">http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine</a>.



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

maPlot.func, maDefaultPar, maLoessLines, maLegendLines, maText, plot, lowess, loess, legend.
maPlot.func，maDefaultPar，maLoessLines，maLegendLines，maText，plot，lowess，loess，legend。


举例----------Examples----------


# To see the demo type demo(marrayPlots)[看到演示型演示（marrayPlots）]

# Examples use swirl dataset, for description type ? swirl[例子使用漩涡集，描述的类型？漩涡]
data(swirl)

# - Default arguments[ - 默认参数]
maPlot(swirl)

# Lowess fit using all spots[LOWESS适合使用的所有景点]
maPlot(swirl, z=NULL, legend.func=NULL)

# Loess fit using all spots[黄土适合使用的所有景点]
maPlot(swirl, z=NULL, legend.func=maLegendLines(legend="All spots",col="green"), lines.func=maLoessLines(loess.args=list(span=0.3),col="green"))

# Pre-normalization MA-plot for the Swirl 81 array, with the lowess fits for [涡流81阵列标准化前主图LOWESS，适合]
# individual grid columns and 1% tails of M highlighted[个别网格列和突出的M 1％的尾巴]
defs <- maDefaultPar(swirl[, 1], x = "maA", y = "maM", z = "maGridCol")
legend.func <- do.call("maLegendLines", defs$def.legend)
lines.func <- do.call("maLowessLines", c(list(TRUE, f = 0.3), defs$def.lines))
text.func<-maText(subset=maTop(maM(swirl)[,1],h=0.01,l=0.01), labels="o", col="violet")
maPlot(swirl[, 1], x = "maA", y = "maM", z = "maGridCol", lines.func=lines.func, text.func = text.func, legend.func=legend.func, main = "Swirl array 81: pre-normalization MA-plot")

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