R语言 marray包 maNormScale()函数中文帮助文档(中英文对照)

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maNormScale(marray)
maNormScale()所属R语言包：marray

                                        Simple scale normalization function
                                         简单的规模标准化的功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is a simple wrapper function around the main normalization function maNormMain. It allows the user to choose from a set of two basic scale normalization procedures. The function operates on an object of class "marrayRaw" (or possibly "marrayNorm", if normalization is performed in several steps) and returns an object of class "marrayNorm". This function can be used to conormalize a batch of arrays  (norm="globalMAD" option).
此功能是围绕主要标准化功能maNormMain简单的包装功能。它允许用户选择一组的两个基本规模标准化程序。类的对象操作功能"marrayRaw"（或可能"marrayNorm"，如果在以下几个步骤进行标准化）和类"marrayNorm"返回一个对象。此功能可用于以conormalize一批阵列（norm="globalMAD"选项）。


用法----------Usage----------


maNormScale(mbatch, norm=c("globalMAD", "printTipMAD"), subset=TRUE, geo=TRUE,  Mscale=TRUE, echo=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：mbatch
An object of class "marrayRaw", containing  intensity data for the batch of arrays to be normalized. An object of class  marrayNorm may also be passed if normalization is performed  in several steps.
一个对象类"marrayRaw"，包含一批阵列强度数据进行标准化。类marrayNorm的对象也可以通过几个步骤进行，如果标准化。


参数：norm
A character string specifying the normalization procedures:      
一个字符串，指定标准化程序：

globalMADfor global scale normalization using the median absolute deviation (MAD), this allows between  slide scale normalization  
globalMADfor全球规模的标准化，用中位数绝对偏差（MAD），这允许在幻灯片规模标准化

printTipMADfor within-print-tip-group scale normalization using the median absolute deviation (MAD).    This argument can be specified using the first letter of each method.
在打印头组规模标准化printTipMADfor使用中位数绝对偏差（MAD）。这种说法，可以指定使用的每一种方法的第一个字母。


参数：subset
A "logical" or "numeric" vector indicating the subset of points used to compute the  normalization values.
“逻辑”或“数字”向量表示用来计算标准化值点的子集。


参数：geo
If TRUE, the MAD of each group is divided by the geometric mean of the MADs across groups (cf. Yang et al. (2002)). This allows observations to retain their original units.
如果TRUE，各组MAD分由MADS跨组（参见杨等人（2002））的几何平均数。这允许保留其原单位的意见。


参数：Mscale
If TRUE, the scale normalization values are stored in the slot maMscale of the object of class "marrayNorm" returned by the function, if FALSE, these values are not retained.
如果TRUE，规模标准化值存储在插槽maMscale类对象"marrayNorm"返回的功能，如果FALSE，这些值是不保留。


参数：echo
If TRUE, the index of the array currently being normalized is printed.
如果TRUE，目前正在标准化的数组的索引打印。


Details

详情----------Details----------

See maNormMain for details and more general procedures.
看到maNormMain细节和更多的一般程序。


值----------Value----------


参数：mnorm
An object of class "marrayNorm", containing the normalized intensity data.
一个对象的类"marrayNorm"，含有规范化的强度数据。


作者（S）----------Author(s)----------


Sandrine Dudoit, <a href="http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine">http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine</a>.



参考文献----------References----------





参见----------See Also----------

maNormMain, maNorm.
maNormMain，maNorm。


举例----------Examples----------


# Examples use swirl dataset, for description type ? swirl[例子使用漩涡集，描述的类型？漩涡]
data(swirl)

# Global median normalization followed by global MAD normalization for [全球中位数标准化由全球疯狂标准化的随访]
# only arrays 2 and 3 in the batch swirl[只有2和3批次中的漩涡阵列]

mnorm1<-maNorm(swirl[,2:3], norm="m")
mnorm2<-maNormScale(mnorm1, norm="g")


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