R语言 marray包 maNormMain()函数中文帮助文档(中英文对照)

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maNormMain(marray)
maNormMain()所属R语言包：marray

                                        Main function for location and scale normalization of cDNA microarray data
                                         cDNA微阵列数据的位置和规模标准化的主要功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is the main function for location and scale normalization of cDNA microarray data. Normalization is performed for a batch of arrays using location and scale normalization procedures specified by the lists of functions f.loc and f.scale. Typically, only one function is given in each list, otherwise composite normalization is performed using the weights computed by the functions a.loc and a.scale. The function operates on an object of class "marrayRaw" (or possibly "marrayNorm", if normalization is performed in several steps) and returns an object of class "marrayNorm". Simple wrapper functions are provided by maNorm and maNormScale.
这是cDNA微阵列数据的位置和规模标准化的主要功能。一批使用指定的地点和规模的标准化功能f.loc和f.scale名单程序阵列标准化。通常情况下，只有一个功能，在每个列表，否则复合标准化执行使用职能a.loc和a.scale计算的权重。类的对象操作功能"marrayRaw"（或可能"marrayNorm"，如果在以下几个步骤进行标准化）和类"marrayNorm"返回一个对象。简单的包装功能提供了maNorm和maNormScale。


用法----------Usage----------


maNormMain(mbatch, f.loc=list(maNormLoess()), f.scale=NULL,
a.loc=maCompNormEq(), a.scale=maCompNormEq(), Mloc=TRUE, Mscale=TRUE, echo=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：mbatch
An object of class "marrayRaw", containing intensity data for the batch of arrays to be normalized. An object of class "marrayNorm" may also be passed if normalization is performed in several steps.
一个对象类"marrayRaw"，包含一批阵列强度数据进行标准化。类"marrayNorm"的对象也可以通过几个步骤进行，如果标准化。


参数：f.loc
A list of location normalization functions, e.g., maNormLoess, maNormMed, or maNorm2D.
位置标准化的功能，例如，maNormLoess，maNormMed或maNorm2D。


参数：f.scale
A list of scale normalization functions, .e.g, maNormMAD.
一个规模的标准化功能的列表，例如，maNormMAD。


参数：a.loc
For composite normalization, a function for computing the weights used in combining several location normalization functions, e.g., maCompNormA.
对于复合标准化，结合几个位置标准化的功能，例如，maCompNormA使用的重量计算功能。


参数：a.scale
For composite normalization, a function for computing the weights used in combining several scale normalization functions.
对于复合标准化，为在几个规模标准化的功能相结合使用的权数计算的功能。


参数：Mloc
If TRUE, the location normalization values are stored in the slot maMloc of the object of class "marrayNorm" returned by the function, if FALSE, these values are not retained.
如果TRUE“的位置标准化值存储在插槽maMloc的对象类"marrayNorm"返回的功能，如果FALSE，这些值是不保留。


参数：Mscale
If TRUE, the scale normalization values are stored in the slot maMscale of the object of class "marrayNorm" returned by the function, if FALSE, these values are not retained.
如果TRUE，规模标准化值存储在插槽maMscale类对象"marrayNorm"返回的功能，如果FALSE，这些值是不保留。


参数：echo
If TRUE, the index of the array currently being normalized is printed.
如果TRUE，目前正在标准化的数组的索引打印。


Details

详情----------Details----------

When both location and scale normalization functions (f.loc and f.scale) are passed, location normalization is performed before scale normalization. That is, scale values are computed for the location normalized log-rations. The same results could be obtained by two applications of the function maNormMain, first with only the location normalization function and f.scale=NULL, and second with only the scale normalization function and f.loc=NULL.
当两个位置和规模的标准化功能（f.loc和f.scale）传递，位置标准化规模标准化之前进行。也就是说，刻度值计算的位置归log口粮。由两个函数的应用，可以得到相同的结果maNormMain，先用唯一的位置标准化的功能和规模的标准化功能和f.scale=NULLf.loc=NULL，和第二。


值----------Value----------


参数：mnorm
An object of class "marrayNorm", containing the normalized intensity data.
一个对象的类"marrayNorm"，含有规范化的强度数据。


作者（S）----------Author(s)----------


Sandrine Dudoit, <a href="http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine">http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine</a>.



参考文献----------References----------





参见----------See Also----------

maNorm, maNormScale, maNormLoess, maLoess, maNormMAD, maMAD, maNormMed, maMed, maNorm2D, ma2D,
maNorm，maNormScale，maNormLoess，maLoess，maNormMAD，maMAD，maNormMed，maMed，maNorm2D，ma2D


举例----------Examples----------


# Examples use swirl dataset, for description type ? swirl[例子使用漩涡集，描述的类型？漩涡]
data(swirl)

# Within-print-tip-group loess location normalization of batch swirl[内打印头组黄土一批漩涡的位置标准化]
# - Default normalization[ - 默认标准化]
swirl.norm<-maNormMain(swirl)

boxplot(swirl.norm)
boxplot(swirl.norm[,3])
plot(swirl.norm[,3])

# Global median normalization for arrays 81 and 82[81和82阵列的全球中位数标准化]
swirl.norm <- maNormMain(swirl[,1:2], f.loc = list(maNormMed(x=NULL,y="maM")))

# Global loess normalization for array 81[阵列81的全球黄土标准化]
swirl.norm <- maNormMain(swirl[,1], f.loc = list(maNormLoess(x="maA",y="maM",z=NULL)))

# Composite normalization as in Yang et al. (2002)[杨等综合标准化。 （2002年）]
# No MSP controls are available here, so all spots are used for illustration[这里可没有MSP的控制，所以所有景点都用于说明]
# purposes[目的]
swirl.norm <- maNormMain(swirl[,1], f.loc = list(maNormLoess(x="maA",y="maM",z=NULL),maNormLoess(x="maA",y="maM",z="maPrintTip")), a.loc=maCompNormA())

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