maNorm(marray)
maNorm()所属R语言包：marray
Simple location and scale normalization function
简单的地点和规模的标准化功能
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function is a simple wrapper function around the main normalization function maNormMain. It allows the user to choose from a set of six basic location and scale normalization procedures. The function operates on an object of class "marrayRaw" (or possibly "marrayNorm", if normalization is performed in several steps) and returns an object of class "marrayNorm".
此功能是围绕主要标准化功能maNormMain简单的包装功能。它允许用户从一组六个基本的位置和规模标准化程序选择。类的对象操作功能"marrayRaw"（或可能"marrayNorm"，如果在以下几个步骤进行标准化）和类"marrayNorm"返回一个对象。
用法----------Usage----------
maNorm(mbatch, norm=c("printTipLoess", "none", "median", "loess",
"twoD", "scalePrintTipMAD"), subset=TRUE, span=0.4, Mloc=TRUE,
Mscale=TRUE, echo=FALSE, ...)
参数----------Arguments----------
参数：mbatch
Object of class marrayRaw, containing intensity data for the batch of arrays to be normalized. An object of class "marrayNorm" may also be passed if normalization is performed in several steps.
对象的类marrayRaw，一批被标准化的阵列包含强度数据。类"marrayNorm"的对象也可以通过几个步骤进行，如果标准化。
参数：norm
Character string specifying the normalization procedures:
字符串指定标准化程序：
noneno normalization
noneno标准化
medianfor global median location normalization
medianfor全球中位数位置标准化
loessfor global intensity or A-dependent location normalization using the loess function
全球loessfor强度或依赖一个位置标准化使用loess函数
twoDfor 2D spatial location normalization using the loess function
twoDfor二维空间位置使用loess功能的标准化
printTipLoessfor within-print-tip-group intensity dependent location normalization using the loess function
printTipLoessfor内打印头组的强度依赖于位置使用loess功能的标准化
scalePrintTipMADfor within-print-tip-group intensity dependent location normalization followed by within-print-tip-group scale normalization using the median absolute deviation (MAD). <br> This argument can be specified using the first letter of each method.
其次是打印头组强度依赖位置标准化内scalePrintTipMADfor内打印头组的规模，使用中位数绝对偏差（MAD）的标准化。参考此参数可以指定使用的每一种方法的第一个字母。
参数：subset
A "logical" or "numeric" vector indicating the subset of points used to compute the normalization values.
“逻辑”或“数字”向量表示用来计算标准化值点的子集。
参数：span
The argument span which controls the degree of smoothing in the loess function.
参数span控制loess函数的平滑度。
参数：Mloc
If TRUE, the location normalization values are stored in the slot maMloc of the object of class "marrayNorm" returned by the function, if FALSE, these values are not retained.
如果TRUE“的位置标准化值存储在插槽maMloc的对象类"marrayNorm"返回的功能，如果FALSE，这些值是不保留。
参数：Mscale
If TRUE, the scale normalization values are stored in the slot maMscale of the object of class "marrayNorm" returned by the function, if FALSE, these values are not retained.
如果TRUE，规模标准化值存储在插槽maMscale类对象"marrayNorm"返回的功能，如果FALSE，这些值是不保留。
参数：echo
If TRUE, the index of the array currently being normalized is printed.
如果TRUE，目前正在标准化的数组的索引打印。
参数：...
Misc arguments
其他参数
Details
详情----------Details----------
See maNormMain for details and also more general procedures.
看到maNormMain细节和更多的一般程序。
值----------Value----------
参数：mnorm
An object of class "marrayNorm", containing the normalized intensity data.
一个对象的类"marrayNorm"，含有规范化的强度数据。
作者（S）----------Author(s)----------
Sandrine Dudoit, <a href="http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine">http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine</a>.
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
maNormMain, maNormScale.
maNormMain，maNormScale。
举例----------Examples----------
# Examples use swirl dataset, for description type ? swirl[例子使用漩涡集，描述的类型？漩涡]
data(swirl)
# Global median normalization for swirl arrays 2 and 3[涡流阵列2和3的全球中位数标准化]
mnorm<-maNorm(swirl[,2:3], norm="median", echo=TRUE)
# Within-print-tip-group loess location normalization for swirl array 1[内打印头组黄土涡流阵列1的位置标准化]
mnorm<-maNorm(swirl[,1], norm="p", span=0.45)
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发表于 2012-2-26 00:18:51
