R语言 marray包 maImage()函数中文帮助文档(中英文对照)

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maImage(marray)
maImage()所属R语言包：marray

                                        Color image for cDNA microarray spot statistics
                                         cDNA微阵列点统计的彩色图像

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

We encourage users calling "image" rather than "maImage".  The name of  the arguments are change slightly.
我们鼓励用户调用而非“maImage”的“形象”。参数的名称略有改变。

The function maImage creates spatial images of shades of gray or colors that correspond to the values of a statistic for each spot on the array. The statistic can be the intensity log-ratio M, a spot quality measure (e.g. spot size or shape), or a test statistic. This function can be used to explore whether there are any spatial effects in the data, for example, print-tip or cover-slip effects.
功能maImage创造空间图像的灰色阴影或颜色的阵列上的每个点对应的统计值。统计数比M的强度，现货质量的措施（如光斑大小或形状），或一个测试统计。这个功能可以被用来研究是否有空间数据中的任何影响，例如，打印头或盖防滑效果。


用法----------Usage----------


maImage(m, x="maM", subset=TRUE, col, contours=FALSE, bar=TRUE,
overlay=NULL, ol.col=1, colorinfo=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：m
Microarray object of class "marrayRaw" and "marrayNorm".
芯片级"marrayRaw"和"marrayNorm"的对象。


参数：x
Name of accessor function for the spot statistic of interest, typically a slot name for the microarray object m, such as maM.
兴趣点的统计，通常是一个插槽的芯片对象m如maM名称存取函数的名称。


参数：subset
A "logical" or "numeric" vector indicating the subset of spots to display on the image.
“逻辑”或“数字”向量表示子集点上显示的图像。


参数：col
List of colors such as that generated by rainbow, heat.colors, topo.colors, terrain.colors, or similar functions. In addition to these color palette functions, a new function maPalette was defined to generate color palettes from user supplied low, middle, and high color values.  
名单的颜色，如彩虹，heat.colors，topo.colors，terrain.colors，或类似职能的产生。除了这些调色板功能，一个新的功能maPalette被定义为从用户产生的调色板提供了低，中，高色值。


参数：contours
If contours=TRUE, contours are plotted, otherwise they are not shown.
如果contours=TRUE，轮廓绘制，否则他们不会被显示。


参数：bar
If bar=TRUE, a calibration color bar is shown to the right of the image.
如果bar=TRUE，校准的颜色栏显示图像的右侧。


参数：overlay
A logical vector of spots to be highlighted on the image plots.
需要强调的一个逻辑点向量上的影像图。


参数：ol.col
Color of the overlay spots.
覆盖点的颜色。


参数：colorinfo
A logical value indicating whether the function should return the color scale information.  
一个逻辑值，指明函数是否应该返回色阶信息。


参数：...
Optional graphical parameters, see par.
可选的图形参数，请参阅par。


Details

详情----------Details----------

This function calls the general function maImage.func, which is not specific to microarray data. If there are more than one array in the batch, the plot is done for the first array, by default. Default color palettes were set for different types of spot statistics using the maPalette function. When x=c("maM", "maMloc", "maMscale"), a green-to-red color palette is used. When x=c("maGb", "maGf", "maLG"), a white-to-green color palette is used. When x=c("maRb", "maRf", "maLR"), a white-to-red color palette is used. The user has the option to overwrite these parameters at any point.
此函数调用的一般功能maImage.func，这是不特定的微阵列数据。如果有多个批次的阵列，该图为第一个数组，默认情况下。默认调色板被设置为使用maPalette函数的现场统计不同类型。当x=c("maM", "maMloc", "maMscale")，绿色到红色的调色板使用。当x=c("maGb", "maGf", "maLG")，白色到绿色的调色板使用。当x=c("maRb", "maRf", "maLR")，白到红的调色板使用。用户有选择覆盖在任何时候，这些参数。


值----------Value----------

If colorinfo is set to TRUE, the following list with elements will be returned.
如果colorinfo设置为TRUE，将返回下面的列表元素。


参数：x.col
vector of colors to be used for calibration color bar.
用于校准色条颜色矢量。


参数：x.bar
vector of values to be used for calibration color bar.
用于校准彩条的矢量值。


参数：summary
six number summary of the spot statistics, from the function summary.
六个当场统计数汇总，从功能summary。


作者（S）----------Author(s)----------


Sandrine Dudoit, <a href="http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine">http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine</a>.



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

image, maImage.func, maColorBar, maPalette, summary.
image，maImage.func，maColorBar，maPalette，summary。


举例----------Examples----------



# To see the demo type demo(marrayPlots)[看到演示型演示（marrayPlots）]

# Examples use swirl dataset, for description type ? swirl[例子使用漩涡集，描述的类型？漩涡]
data(swirl)

# Microarray color palettes[微阵列调色板]
Gcol <- maPalette(low = "white", high = "green", k = 50)
Rcol <- maPalette(low = "white", high = "red", k = 50)
RGcol <- maPalette(low = "green", high = "red", k = 50)

# Color images of green and red background and foreground intensities[红色和绿色的背景和前景强度的彩色图像]
maImage(swirl[, 3], x="maGb")
maImage(swirl[, 3], x = "maGf", subset = TRUE, col = Gcol, contours = FALSE, bar = TRUE, main="Swirl array 93")
maImage(swirl[, 3], x = "maRb", contour=TRUE)
maImage(swirl[, 3], x = "maRf", bar=FALSE)

# Color images of pre-normalization intensity log-ratios[预标准化数比强度的彩色图像]
maImage(swirl[, 1])
maImage(swirl[, 3], x = "maM", subset = maTop(maM(swirl[, 3]), h = 0.1, l = 0.1), col = RGcol, contours = FALSE, bar = TRUE, main = "Swirl array 93: image of pre-normalization M for % 10 tails")

# Color image of print-tip-group[彩色图像的打印头组]
maImage(swirl[, 1],x="maPrintTip")


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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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