R语言 maigesPack包 hierM()函数中文帮助文档(中英文对照)

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hierM(maigesPack)
hierM()所属R语言包：maigesPack

                                         Function to do hierarchical cluster analysis
                                         函数做聚类分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a function to do hierarchical clustering analysis for objects of classes maiges, maigesRaw and maigesANOVA. Use the function hierMde for objects of class maigesDEcluster.
这是一个类的对象的层次聚类分析的功能maiges，maigesRaw和maigesANOVA。使用的功能hierMde类maigesDEcluster的对象。


用法----------Usage----------


hierM(data, group=c("C", "R", "B")[1], distance="correlation",
      method="complete", doHeat=TRUE, sLabelID="SAMPLE",
      gLabelID="GeneName", rmGenes=NULL, rmSamples=NULL,
      rmBad=TRUE, geneGrp=NULL, path=NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：data
object of class maigesRaw, maiges, maigesANOVA or maigesDEcluster.
类对象maigesRaw，maiges，maigesANOVA或maigesDEcluster。


参数：group
character string giving the type of grouping: by rows 'R', columns 'C' (default) or both 'B'.
字符串类型分组：由行“R”，列“C”（默认）或两个“B”。


参数：distance
char string giving the type of distance to use. Here we use the function Dist and the possible values are 'euclidean', 'maximum', 'manhattan', 'canberra', 'binary', 'pearson', 'correlation' (default) and 'spearman'.
char字符串距离使用。在这里，我们使用的功能Dist和可能的值是“欧几里德”，“最大”，“曼哈顿”，“堪培拉”，“二进制”，“培”，“相关性”（默认）和矛。


参数：method
char string specifying the linkage method for the hierarchical cluster. Possible values are 'ward', 'single', 'complete' (default), 'average', 'mcquitty', 'median' or 'centroid'
char字符串指定联动层次聚类方法。可能的值是病房，单，完成（默认），平均，mcquitty“，”中位数“或”重心“


参数：doHeat
logical indicating to do or not the heatmap. If FALSE, only the dendrogram is displayed.
逻辑指示做或不热图。如果为FALSE，只有树状显示。


参数：sLabelID
character string specifying the sample label ID to be used to label the samples.
字符串指定样品的标签标识被用来标记的样品。


参数：gLabelID
character string specifying the gene label ID to be used to label the genes.
字符串指定的基因标签的ID被用来标记基因。


参数：rmGenes
char list specifying genes to be removed.
字符列表指定的基因将被删除。


参数：rmSamples
char list specifying samples to be removed.
字符列表指定的样品将被删除。


参数：rmBad
logical indicating to remove or not bad spots (slot BadSpots in objects of class maiges, maigesRaw or maigesANOVA).
逻辑表示删除或不坏的斑点（插槽BadSpots类对象maiges，maigesRaw或maigesANOVA）。


参数：geneGrp
numerical or character specifying the gene group to be clustered. This is given by the columns of the slot GeneGrps in objects of classes maiges, maigesRaw and maigesANOVA.
数字或字符指定的基因组进行聚类。这是由插槽GeneGrps类的对象列maiges，maigesRaw和maigesANOVA。


参数：path
numerical or character specifying the gene network to be clustered. This is given by the items of the slot Paths in objects of classes maiges, maigesRaw and maigesANOVA.
数字或字符指定的基因网络聚类。这是插槽Paths类的对象的项目给予maiges，maigesRaw和maigesANOVA。


参数：...
additional parameters for heatmap function.
heatmap函数的附加参数。


Details

详情----------Details----------

This function implements the hierarchical clustering method for objects of microarray data defined in this package. The default function for hierarchical clustering is the hclust.
此功能实现了在这个包中定义的微阵列数据的对象的层次聚类方法。层次聚类的默认功能是hclust。


值----------Value----------

This function display the heatmaps and don't return any object or value.
此功能显示的热图，不返回任何对象或值。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参见----------See Also----------

somM and kmeansM for displaying SOM and k-means clusters, respectively.
somM和kmeansM显示SOM和K-均值聚类，分别。


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Doing a hierarchical cluster using all genes, for maigesRaw class[＃做一个层次的聚类使用的所有基因，maigesRaw类]
hierM(gastro.raw, rmGenes=c("BLANK","DAP","LYS","PHE", "Q_GENE","THR","TRP"),
      sLabelID="Sample", gLabelID="Name", doHeat=FALSE)

## Doing a hierarchical cluster using all genes, for maigesNorm class[＃做一个层次的聚类使用的所有基因，maigesNorm类]
hierM(gastro.norm, rmGenes=c("BLANK","DAP","LYS","PHE", "Q_GENE","THR","TRP"),
      sLabelID="Sample", gLabelID="Name", doHeat=FALSE)

## If you want to show the heatmap do[＃如果你想显示热图做]
hierM(gastro.norm, rmGenes=c("BLANK","DAP","LYS","PHE", "Q_GENE","THR","TRP"),
      sLabelID="Sample", gLabelID="Name", doHeat=TRUE)

## If you want to show the hierarchical branch in both margins do[＃如果你想显示在双方的利润做分层分支]
hierM(gastro.summ, rmGenes=c("BLANK","DAP","LYS","PHE", "Q_GENE","THR","TRP"),
      sLabelID="Sample", gLabelID="Name", doHeat=TRUE, group="B")

## If you want to use euclidean distance only into rows (spots or genes)[＃如果你要使用欧氏距离，只进行（点或基因）]
hierM(gastro.summ, rmGenes=c("BLANK","DAP","LYS","PHE", "Q_GENE","THR","TRP"),
      sLabelID="Sample", gLabelID="Name", doHeat=FALSE, group="R", distance="euclidean")

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