R语言 maigesPack包 deGenesANOVA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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deGenesANOVA(maigesPack)
deGenesANOVA()所属R语言包：maigesPack

                                         Function to do differential expression analysis, using ANOVA models
                                         功能做差异表达分析，采用方差分析模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes an object of class maiges and do differential expression analysis for the genes onto dataset, comparing more than two samples using ANalysis Of VAriance (ANOVA) models.
这个函数需要一个对象类maiges“做差到数据集的基因表达分析，比较以上两个样本，采用方差分析（方差分析）模型。


用法----------Usage----------


deGenesANOVA(data=NULL, eBayes=FALSE, retOrig=FALSE,
             retF=FALSE, doClust=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：data
object of class maigesANOVA.
对象类maigesANOVA。


参数：eBayes
logical indicating the use or not (default) of empirical Bayes statistics implemented in limma package.
逻辑说明使用或不limma包实施经验Bayes统计（默认）。


参数：retOrig
logical indicating if the object of class MArrayLM from limma package must be returned. Defaults to FALSE.
逻辑表示如果类对象MArrayLMlimma包必须返回。默认为false。


参数：retF
logical asking to return the results associated with the F test (TRUE) or with the individual contrasts (FALSE - default).
逻辑要求与F检验（TRUE）或个人的对比（FALSE  - 默认）相关的结果返回。


参数：doClust
logical indicating if the object generated from this analysis will be used for cluster analysis. Defaults to TRUE.
逻辑表明，如果从这个分析生成的对象将使用聚类分析。默认为true。


参数：...
additional parameters to function lmFit.
额外的参数，函数lmFit。


Details

详情----------Details----------

The object of class maigesANOVA of the argument data is created by the function designANOVA. This function calculate statistics and p-values using the function lmFit from package limma.
对象类maigesANOVA的说法data创建功能designANOVA。此功能使用功能lmFit包limma计算统计和p值。


值----------Value----------

The result of this function is an object of class MArrayLM when retOrig is TRUE. When it is FALSE, the result is an object of class maigesDE if doClust if FALSE or of class maigesDEcluster if it is TRUE.
这个函数的结果是一个类的对象MArrayLM时retOrig是TRUE。当它是假的，结果是一个类的对象maigesDE如果doClust如果为FALSE或类maigesDEcluster如果这是真的。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参见----------See Also----------

designANOVA, lmFit, MArrayLM.
designANOVA，lmFit，MArrayLM。


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Constructing a maigesANOVA object for the 'Tissue' sample label using[＃1 maigesANOVA对象构建“组织”的样品使用标签]
## default model (simple linear model with intercept) and contrasts (all[＃默认模型（简单线性模型与拦截）和对比（所有]
## parameters are equal between themselves)[＃参数，它们之间是平等的）]
gastro.ANOVA = designANOVA(gastro.summ, factors="Tissue")

## Fitting the ANOVA model designed by the above command[＃拟合方差模型设计由上述命令]
gastro.ANOVAfit = deGenesANOVA(gastro.ANOVA, retF=TRUE)
gastro.ANOVAfit

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