R语言 maigesPack包 deGenes2by2BootT()函数中文帮助文档(中英文对照)

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deGenes2by2BootT(maigesPack)
deGenes2by2BootT()所属R语言包：maigesPack

                                         Function to do differential expression analysis, comparing only two samples
                                         功能做差异表达分析，比较，只有两个样品

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes an object of class maiges and do differential expression analysis for the genes onto dataset, comparing only two samples by a bootstrap of t statistics method.
这个函数需要一个类maiges“做差到数据集的基因表达分析的对象，只有两个样本比较t统计方法的引导。


用法----------Usage----------


deGenes2by2BootT(data=NULL, sLabelID=names(data@Slabels)[1], sTypeComp=NULL,
                 doClust=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：data
object of class maiges.
对象类maiges。


参数：sLabelID
character string giving the sample label ID to be used.
字符串提供样品标签标识的使用。


参数：sTypeComp
list with character vectors specifying the two sample types to be compared.
列出字符指定要比较两个样本类型的向量。


参数：doClust
logical indicating if the object generated from this analysis will be used for cluster analysis. Defaults to TRUE.
逻辑表明，如果从这个分析生成的对象将使用聚类分析。默认为true。


参数：...
additional parameters for functions t.test, wilcox.test or bootstrapT.
额外的功能参数t.test，wilcox.test或bootstrapT。


Details

详情----------Details----------

This function calculate t statistics and p-values by re-sampling of the data using the function bootstrapT.
此函数计算重采样数据的使用功能bootstrapTt统计量和p值。

There is the option to do the t test directly, using the function deGenes2by2Ttest, or to do the non-parametric Wilcox test using the function deGenes2by2Wilcox.
有选择直接做t检验，使用功能deGenes2by2Ttest，或做非参数的威尔科克斯测试使用的功能deGenes2by2Wilcox。


值----------Value----------

The result of this function is an object of class maigesDE if doClust if FALSE or of class maigesDEcluster if it is TRUE.
这个函数的结果是一个类的对象maigesDE如果doClust如果为FALSE或类maigesDEcluster如果这是真的。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参见----------See Also----------

bootstrapT, deGenes2by2Ttest and deGenes2by2Wilcox.
bootstrapT，deGenes2by2Ttest和deGenes2by2Wilcox。


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## Doing bootstrap from t statistic test fot 'Type' sample label, k=1000[t统计检验FOT“类型的样品标签，K = 1000＃做引导]
## specifies one thousand bootstraps[＃指定一万白手起家]
gastro.boot = deGenes2by2BootT(gastro.summ, sLabelID="Type", k=1000)
gastro.boot

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