R语言 maigesPack包 calcA()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

calcA(maigesPack)
calcA()所属R语言包：maigesPack

                                         Method calcA to calculate A values
                                         方法calcA计算值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generic function calcA to calculate A values from classes of  microarray data objects defined in this package.
通用功能calcAA值计算芯片的数据在这个包中定义的对象类。


用法----------Usage----------


calcA(object, ...)

## Default S3 method:[默认方法]
calcA(object, ...)

## S3 method for class 'maigesRaw'
calcA(object, bkgSub="subtract", ...)




参数----------Arguments----------

参数：object
object of any class. But only some methods are defined in this moment.
任何类的对象。但只有一些方法被定义在这一刻。


参数：bkgSub
character string indicating the type of background subtraction. May be 'none', 'subtract', 'half', 'minimum', 'movingmin', 'edwards', 'normexp' or 'rma'. Uses limma and defaults to 'subtract'.
背景减法类型的字符串表示。可能是没有，减，一半，最低，movingmin“，”爱德华兹，“normexp或RMA。使用limma和默认值“减去”。


参数：...
additional parameters for calcA method.
calcA方法的其他参数。


Details

详情----------Details----------

This method receive an object (at moment of class maiges, maigesRaw or maigesANOVA) and returns the matrix of A values. For objects of class maigesRaw it uses the function backgroundcorrect from limma package to do background correction before the calculation of A values.
这种方法获得一个对象（类的时刻maiges，maigesRaw或maigesANOVA），并返回矩阵A值。对于类对象maigesRaw它使用的功能backgroundcorrectlimma包做背景校正前A值计算。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves <gesteves@vision.ime.usp.br>




参见----------See Also----------

backgroundcorrect in the limma package and calcW.
backgroundcorrect，在limma包和calcW。


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

calcA(gastro.raw)
calcA(gastro.norm)

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