R语言 maigesPack包 boxplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

boxplot(maigesPack)
boxplot()所属R语言包：maigesPack

                                         Method boxplot for objects defined in this package
                                         在这个包中定义的对象的方法的盒形图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generic function boxplot to display boxplots of the data.
泛型函数boxplot显示的数据的盒状图。


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'maigesRaw'
boxplot(x, ...)

## S3 method for class 'maiges'
boxplot(x, name=NULL, gLabelID=NULL, sLabelID=NULL, gSamples=NULL, ...)

## S3 method for class 'maigesANOVA'
boxplot(x, name=NULL, gLabelID=NULL, sLabelID=NULL, gSamples=NULL, ...)

## S3 method for class 'maigesDEcluster'
boxplot(x, name=NULL, gLabelID=NULL, sLabelID=NULL, gSamples=NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
an object of any class defined in this package
在这个包中定义的任何类的对象


参数：name
character string specifying a gene to do boxplot of their expression values along the types specified by sLabelID.
字符串指定一个基因的表达值做沿着sLabelID指定的类型的盒形图。


参数：gLabelID
character value giving the name of gene label to be used to search for parameter name.
基因标签的名字被用来寻找参数name字符值。


参数：sLabelID
idem to gLabelID, specifying the name of sample label to be used to separate the gene observations.
同上gLabelID，指定被用来分离基因的观测样本标签的名称。


参数：gSamples
a named list containing character vectors defining groups of samples from sLabelID.
命名的列表，其中包含特征向量定义组样品，从sLabelID。


参数：...
additional parameters to boxplot method defined in graphics package or to maBoxplot method defined in marray package (for maigesRaw, maiges or maigesANOVA classes), in this case the additional parameters must not be named, because these names conflict with the boxplot generic function definition.
boxplot图形包中定义的方法或maBoxplot marray包中定义的方法（maigesRaw，maiges或maigesANOVA类）的额外的参数，在这种情况下，额外的参数必须不被命名冲突，因为这些boxplot泛型函数定义的名称。


Details

详情----------Details----------

This method uses the function maBoxplot from marray package to show boxplots of the W values along all the slides of a dataset or along specific accessor methods to stratify the data in objects of class maigesRaw. For objects of classes maiges or maigesANOVA this is also done if the argument name is NULL, else the method shows boxplots for the expression values of the gene specified by name stratified by sample types from sLabelID. For objects of class maigesDEcluster only boxplots of genes are produced and the argument name may not be NULL.
这种方法使用的函数maBoxplot：marray包显示沿着一个集所有的幻灯片，或沿特定的访问方法的W值的盒状图类maigesRaw对象的分层数据。类的对象maiges或maigesANOVA也做了，如果参数name是NULL，否则该方法显示指定name分层基因表达值的盒状图从sLabelID样品类型。为对象的类maigesDEcluster唯一的基因盒状图的生产和参数name可能不能为NULL。

If you especify the y parameter (but not named), defined for the method maBoxplot in package marray, it will be displayed the M values instead of W.
，如果especifyy参数（未命名），maBoxplot在包marray，它会被显示，而不是W的M值的方法定义


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves <gesteves@vision.ime.usp.br>




参见----------See Also----------

maBoxplot in the marray package and boxplot in the graphics package.
maBoxplot在marray包和boxplot在图形包。


举例----------Examples----------


## Loading the dataset[＃载入数据集]
data(gastro)

## To see the boxplots for W values in all chips[＃要看到所有芯片W值的盒状图]
boxplot(gastro.raw)  ## maigesRaw class[＃maigesRaw类]
boxplot(gastro.norm) ## maigesNorm class[＃maigesNorm类]
boxplot(gastro.summ) ## summarized data (also maigesNorm class)[＃汇总数据（也maigesNorm类）]

## To see the boxplots for W values in individual chips[＃在单个芯片W值的盒状图]
## separating into print tips.[＃分离到的打印技巧。]
boxplot(gastro.raw[,1])  ## maigesRaw class, first chip[＃maigesRaw类，第一个芯片]
boxplot(gastro.norm[,8]) ## maigesNorm class, 8th chip[＃maigesNorm类，8芯片]
boxplot(gastro.summ[,19]) ## summarized data (also maigesNorm class), 19th chip[＃汇总数据（也maigesNorm级），19片]


## Boxplot for individual genes into ANOVA model fitting[＃方差分析模型的拟合单个基因盒形图]
gastro.ANOVA = designANOVA(gastro.summ, factors="Tissue")
gastro.ANOVAfit = deGenesANOVA(gastro.ANOVA, retF=TRUE)

boxplot(gastro.ANOVAfit, name="KLK13", gLabelID="GeneName",
sLabelID="Tissue")

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。