R语言 maigesPack包 addPaths()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

addPaths(maigesPack)
addPaths()所属R语言包：maigesPack

                                         Function to load gene pathways into maigesPreRaw object
                                         函数加载到maigesPreRaw对象的基因途径

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function read a directory and read files containing the gene pathways in TGF format. This format must have the genes of the pathway sequentially in lines numbered from 1, followed by a '\#' character that separate the nodes (given by genes) from edges, that must be specified as number of the origin gene followed by a space, the number of the final gene, another space and the weight of the iteration. This function stores the gene networks read in the slot Paths into objects of class maigesPreRaw.
这个函数读目录和读文件，其中包含的基因通路在TGF格式。这个格式必须有通路的基因顺序编号从1线，由一个\＃“字符，单独从边缘节点（基因），必须指定的起源基因数，后跟一个空格，最后的基因，另外空间和重量迭代的数量。此功能Paths成类maigesPreRaw的对象存储插槽读取的基因网络。


用法----------Usage----------


addPaths(data, folder="./", ext=".tgf")



参数----------Arguments----------

参数：data
object of maigesPreRaw class.
对象maigesPreRaw类的。


参数：folder
char string specifying the directory of gene groups. The function tests the presence or not of the final bar.
char字符串指定的基因组的目录。功能测试最后条形的存在与否。


参数：ext
string giving the extension of the files, defaults to '.tgf'. The function also tests the presence of the initial dot.
扩展的文件，默认的字符串。转化生长因子“。该功能也测试初始点的存在。


Details

详情----------Details----------

If the data object already has gene networks with names equal to some someones that are been read, the nets with repeated names are not added. Warning messages are printed for every repeated group name.
如果data对象已经有基因网络与平等一些被阅读某人的名字，与反复名网没有加入。每重复组名称打印警告消息。

The folder directory must contain only one file for each pathway of interest. These files must be done in TGF format, as described into description above. The gene identification are matched with some column from genemap (see loadData).
folder目录必须包含对每个感兴趣的途径只有一个文件。这些文件必须在TGF格式，描述成以上描述。基因鉴定了一些列的匹配genemap（见loadData）。


值----------Value----------

This function return another object of class maigesPreRaw, with the slot Paths actualised.
这个函数返回与另一个对象类maigesPreRaw，Pathsactualised插槽。


作者（S）----------Author(s)----------



Gustavo H. Esteves &lt;<a href="mailto:gesteves@vision.ime.usp.br">gesteves@vision.ime.usp.br</a>&gt;




参见----------See Also----------

maigesPreRaw, addGeneGrps
maigesPreRaw，addGeneGrps


举例----------Examples----------


## Don't run because you don't have the pathways in a readable folder.[＃不要运行，因为你不必在一个可读的文件夹的途径。]
## Not run: [＃无法运行：]
gastro = addPaths(gastro, folder="geneNets", ext="tgf")


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