topgenes(made4)
topgenes()所属R语言包：made4
Topgenes, returns a list of variables at the ends (positive, negative or both) of an axis
topgenes，在轴的两端（正面，负面或两者）返回一个变量列表
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
topgenes will return a list of the top N variables from the positive, negative or both ends of an axis. That is, it returns a list of variables that have the maximum and/or minimum values in a vector.
topgenes将返回一个从正面，负面或两者轴两端的前N个变量的列表。也就是说，它返回一个列表变量具有最大和/或最低值向量。
用法----------Usage----------
topgenes(x, n = 10, axis = 1, labels = row.names(x), ends = "both", ...)
参数----------Arguments----------
参数：x
A vector, matrix or data.frame. Typically a data frame \$co or \$li from dudi or \$ls, \$li, \$co from bga.
一个vector，matrix或data.frame。通常情况下一个数据框或CO \ $ \ $dudi\ $ LS李，\ $李\ $bga合作。
参数：n
An integer indicating the number of variables to be returned. Default is 5.
一个整数，表示要返回的变量的数目。默认值是5。
参数：axis
An integer indicating the column of x. Default is 1 (first axis, of \$co or \$li file)
一个整数，指示X列。默认值是1（\ $合作或\ $李文件，第一轴）
参数：labels
A vector of row names, for x[,axis]. Default values is row.names(x)
行名称的一个向量，为X轴]。默认值是row.names（X）
参数：ends
A string, "both", "neg", "pos", indicating whether variable label should be return from both, the negative or the positive end of an axis. The default is both.
一个字符串，“都”，“负”，“POS”，说明变量的标签是否应该回报，消极或积极轴年底。无论是默认。
参数：...
further arguments passed to or from other methods
通过进一步的论据或其他方法
Details
详情----------Details----------
topgenes calls genes1d. genes1d is similar to genes, but returns an index of genes at the ends of one axis not two axes. Given a \$co or \$li file it will return that variables at the ends of the axis.
topgenesgenes1d。 genes1d是类似genes，但不是两轴一轴的两端基因的索引返回。鉴于\美元的合作或\ $李文件，它会返回的变量，在轴的两端。
值----------Value----------
Returns a vector or list of vectors.
返回一个向量的向量或列表。
作者（S）----------Author(s)----------
AedinCulhane
参见----------See Also----------
See Also as genes
另见genes
举例----------Examples----------
# Simple example[简单的例子]
a<-rnorm(50)
order(a)
topgenes(a, labels=c(1:length(a)), ends="neg")
# Applied example[应用实例]
data(khan)
if (require(ade4, quiet = TRUE)) {
khan.coa<-ord(khan$train[1:100,])}
ind<-topgenes(khan.coa, ends="pos")
ind.ID<-topgenes(khan.coa, ends="pos", labels=khan$gene.labels.imagesID)
ind.symbol<-topgenes(khan.coa, ends="pos", labels=khan$annotation$Symbol)
Top10.pos<- cbind("Gene Symbol"=ind.symbol,
"Clone ID"=ind.ID, "Coordinates"=khan.coa$ord$li[ind,], row.names=c(1:length(ind)))
Top10.pos
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-26 00:02:58
