plotarrays(made4)
plotarrays()所属R语言包：made4
Graph xy plot of variable (array) projections from ordination, between group analysis or coinertia analysis.
图XY绘图的变量（数组）从协调，组间分析或coinertia分析预测。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Graph xy plot of variables using s.var, s.groups or s.match.col. Useful for visualising array coordinates (\$li) resulting from ord, bga or cia of microarray data.
图XY绘图使用s.var，s.groups或s.match.col变量。可视化阵列坐标（\ $李）ORD，BGA或中央情报局的微阵列数据是非常有用的。
用法----------Usage----------
plotarrays(coord, axis1 = 1, axis2 = 2, arraylabels = NULL, classvec=NULL, graph = c("groups", "simple", "labels", "groups2", "coinertia","coinertia2"), labelsize=1, star=1, ellipse=1, arraycol=NULL, ...)
参数----------Arguments----------
参数：coord
a data.frame or matrix or object from ord bga or cia analysis with at least two columns, containing x, y coordinates to be plotted
data.frame或matrix或对象ordbga或cia分析，至少有两列，包含x，y坐标绘制
参数：axis1
An integer, the column number for the x-axis. Default is 1, so axes 1 is dudivar[,1]
一个整数，列数为x轴。默认值是1，所以轴1 dudivar [1]
参数：axis2
An integer, the column number for the y-axis. Default is 2, so axes 2 is dudivar[,2]
一个整数，列数为y轴。默认值是2，所以轴2是dudivar [2]
参数：arraylabels
A vector of variables labels. Default is row.names(coord)
一个变量标签的向量。默认是row.names（坐标）
参数：classvec
A factor or vector which describes the classes in coord. Default is NULL. If included variables will be coloured by class.
一个factor或vectorcoord类。默认值为NULL。如果包含的变量是由类彩色。
参数：graph
A character of type "groups", "simple", "labels", "groups2", "coinertia" or "coinertia2" which specifies the type of plot type or "graph" to be drawn. By default the graph will be selected depending on the class of cooord, and whether a classvector is specified
型“群体”，“简单”，“标签”，“groups2”，“coinertia”或的“coinertia2”的指定类型的图类型或“图”绘制的字符。默认情况下，将选择图取决于的cooord类，，是否classvector指定
参数：labelsize
Size of sample labels, by default=1
样品标签的大小，默认值= 1
参数：star
If drawing groups, whether to join samples to centroid creating a "star"
如果画组，是否加入样本，以质心创建一个“明星”
参数：ellipse
If drawing groups, whether to draw an ellipse or ring around the samples
如果绘制的群体，是否绘制一个椭圆形或样品周围的环
参数：arraycol
Character with length equal to the number of levels in the factor classvec. Colors for each of the levels in the factor classvec
字符长度等于因素classvec水平。每个级别的色彩因素classvec
参数：...
further arguments passed to or from other method
通过进一步的论据或其他方法
Details
详情----------Details----------
plotarrays calls the function s.var, s.groups or s.match.col.
plotarrays调用函数s.var，s.groups或s.match.col。
If you wish to return a table or list of the top array at the end of an axis, use the function topgenes.
如果你想在轴返回顶端数组表或列表，使用功能topgenes。
值----------Value----------
An xy plot
一个XY图
注意----------Note----------
plotarrays plots variables using s.var, s.groups, s.match.col which are modifieds version of s.label, s.class. , and s.match.
plotarrays图变量使用s.var，s.groups，s.match.col是modifieds版本s.label，s.class。 ，s.match。
作者（S）----------Author(s)----------
Aedin Culhane
参见----------See Also----------
See Also as s.var and s.label
另见s.var和s.label
举例----------Examples----------
data(khan)
if (require(ade4, quiet = TRUE)) {
khan.bga<-bga(khan$train, khan$train.classes)
}
attach(khan.bga)
par(mfrow=c(2,1))
plotarrays(khan.bga)
plotarrays(khan.bga, graph="simple")
plotarrays(khan.bga, graph="labels")
plotarrays(khan.bga, graph="groups")
plotarrays(khan.bga, graph="groups2")
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发表于 2012-2-26 00:02:12
