R语言 made4包 overview()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

overview(made4)
overview()所属R语言包：made4

                                        Draw boxplot, histogram and hierarchical tree of gene expression data
                                         抽奖盒形图，柱状图和分层树的基因表达数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Very simple wrapper function that draws a boxplot, histogram and hierarchical tree of expression
很简单的包装函数绘制一个盒形图，柱状图和分层表达式树


用法----------Usage----------


overview(dataset, labels = NULL, title = "", classvec = NULL, hc = TRUE, boxplot = TRUE, hist = TRUE, returnTree=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：dataset
A matrix, data.frame,  ExpressionSet or  marrayRaw-class.   If the input is gene expression data in a matrix or data.frame. The  rows and columns are expected to contain the variables (genes) and cases (array samples)  respectively.
一个matrix，data.frame，ExpressionSet或marrayRaw-class。如果输入的是一个matrix或data.frame的基因表达数据。预计包含的变量（基因）和例（阵列样品）分别行和列。


参数：labels
Vector, labels to be placed on samples in plots. Default is rownames(dataset).
向量，样本放置在图的标签。默认是rownames（集）。


参数：title
Character, label to be placed on plots. Default is NULL.
字符，标签被放在图上。默认NULL。


参数：classvec
A factor or vector which describes the classes in columns of the dataset. Default is NULL. If included columns (array samples) on the dendrogram will be coloured by class.
一个factor或vector描述dataset列类。默认NULL。如果包含列在树状图（阵列样品）将类彩色。


参数：hc
Logical. Draw dendrogram of hierarchical cluster analysis of cases. Default is TRUE.
逻辑。提请情况的聚类分析聚类分析。默认TRUE。


参数：boxplot
Logical. Draw boxplot. Default is TRUE.
逻辑。绘制盒形图。默认TRUE。


参数：hist
Logical. Draw histogram. Default is TRUE.
逻辑。绘制直方图。默认TRUE。


参数：returnTree
Logical. Return the hieracrhical cluster analysis results. Default is FALSE.
逻辑。返回的hieracrhical的的聚类分析结果。默认FALSE。


参数：...
further arguments passed to or from other methods.
通过进一步的论据或其他方法。


Details

详情----------Details----------

The hierarchical plot is produced using average linkage cluster analysis with Pearson's correlation metric as described by Eisen et al.,1999.
平均连锁聚类分析采用Pearson相关艾森等人，1999年为度量层次的图。


作者（S）----------Author(s)----------


Aedin Culhane



参见----------See Also----------

See also as boxplot, hclust,
还可以看boxplot，hclust


举例----------Examples----------


  data(khan)

  logkhan<-log2(khan$train)
  print(class(logkhan))
  overview(logkhan, title="Subset of Khan Train")
  overview(logkhan, classvec=khan$train.classes, labels=khan$train.classes,title="Subset of Khan Train")
  overview(logkhan, classvec=khan$train.classes, labels=khan$train.classes,title="Subset of Khan Train", boxplot=FALSE, his=FALSE)

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