R语言 made4包 html3D()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

html3D(made4)
html3D()所属R语言包：made4

                                        Produce web page with a 3D graph that can be viewed using Chime web browser plug-in, and/or a
                                         生产与使用编钟的网页浏览器插件，可以被看作一个三维图形和/或网页

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

html3D produces a pdb file that can be viewed using the freeware protein structure viewer Rasmol and a html web page with a 3D graph that can be rotated and manipulated in a web browser that  supports the chime web browser plug-in.
html3D产生pdb文件，可以使用三维图形，可以旋转，并在网页浏览器，支持编钟的网页浏览器插件操纵蛋白质结构的免费浏览器Rasmol的一个HTML网页查看。


用法----------Usage----------


html3D(df, classvec = NULL, writepdb = FALSE, filenamebase = "output",
       writehtml = FALSE, title = NULL, scaled=TRUE,xyz.axes=c(1:3), ...)



参数----------Arguments----------

参数：df
A matrix or data.frame containing the x,y,z coordinates.  Typically the output from bga such as the \$ls or \$co files, or other xyz coordinates (\$li or \$co) produced by PCA, COA or other dudi  
一个matrix或data.frame含有X，Y，Z坐标。通常情况下，从bga\ $ ls或\ $合作文件，或其他产生PCA，COA或其他dudi XYZ坐标（\ $李\ $合作）等输出


参数：classvec
factor or vector which describes classes in the df. Default is NULL.  If specified each group will be coloured in contrasting colours
factor或vector这说明在DF类。默认值为NULL。如果指定了每个小组将颜色对比鲜明的色彩


参数：writepdb
Logical. The default is FALSE. If TRUE a file will be saved which can be read into Rasmol.
逻辑。默认值为FALSE。如果是TRUE的文件将被保存，可以阅读到Rasmol的。


参数：writehtml
Logical. The default is FALSE, If TRUE a web html file will be saved which can be  viewed in any web browser than supports chime.
逻辑。默认为FALSE，如果实现网页的HTML文件将被保存，它可以在任何网络浏览器查看，比支持磬。


参数：filenamebase
Character. The basename of the html or pdb file(s) to be saved. The  default is "output", which will save files output.pdb, output.html, if writepdb or writehtml are TRUE respectively.
字符。 HTML或PDB文件的基本名（S）保存。默认是“输出”，这将节省，如果writepdb或writehtml文件output.pdb，output.html，分别为TRUE。


参数：title
Character, the title (header) of the web page saved if writehtml is TRUE.  The default is NULL.
字符，保存的网页的标题（头）如果writehtml为TRUE。默认值为NULL。


参数：scaled
Logical indicating whether the data should be scaled for best fit. The default is TRUE
逻辑指示数据是否应为最合适的缩放。默认值是TRUE


参数：xyz.axes
vector indicating which axes to use for x, y and z axes. By default, the first 3 columns of df.
使用X，Y和Z轴轴矢量表示。默认情况下，df的第3列。


参数：...
further arguments passed to or from other methods  
通过进一步的论据或其他方法


Details

详情----------Details----------

Produces a html file, of a 3D graph which can be rotated using the FREEWARE chime (win, MacOS). Chime  can be downloaded from  http://www.mdlchime.com/.
产生一个三维图形可以旋转，使用软件的钟声（双赢的MacOS）的HTML文件，。钟声可从http://www.mdlchime.com/下载。

html3D will colour samples by classvec if given one, and will produce chime script to highlight groups,  spin on/off, and include button for restore for example see http://bioinf.ucd.ie/research/BGA/supplement.html
html3D色样由classvec如果给定，并会产生磬脚本突出群体，旋开/关，例如包括恢复按钮，看到http://bioinf.ucd.ie/research/BGA/ supplement.html

html3d calls chime3D to produce the html web page with a 3D graph.
html3d要求chime3D产生一个三维图形的HTML网页。


值----------Value----------

html3D produces the pdb output file which can be read in Rasmol or other molecular structure viewers. html3D produces a html file with a 3D graph that can be rotated and manipulated in a web browser that  supports the chime web browser plug-in.
html3D生产Rasmol的或其他的分子结构的观众可以在读的pdb的输出文件。 html3D产生一个三维图，可以旋转，并在网页浏览器，支持编钟的网页浏览器插件操纵的html文件。


注意----------Note----------

Note chime is only available on windows or Mac OS currently. Using the chime plug-in on Linux  is slightly complicated but is available if the CrossOver Plug-in is installed.   Instructions on installing this and chime on Linux are available at   http://mirrors.rcsb.org/SMS/STINGm/help/chime_linux.html
注意：编钟是目前仅在Windows或Mac OS。稍微复杂，但使用编钟插件在Linux CrossOver的插件安装。在Linux上安装和钟声的指示在http://mirrors.rcsb.org/SMS/STINGm/help/chime_linux.html

If you wish to view a 3D graph in Rasmol, you will need to execute a Rasmol script similar to
如果你想查看在Rasmol的三维图形，您将需要执行类似的Rasmol的脚本


作者（S）----------Author(s)----------


Aedin Culhane  



举例----------Examples----------


data(khan)
if (require(ade4, quiet = TRUE)) {
khan.bga<-bga(khan$train, khan$train.classes)
}

out.3D <-html3D(khan.bga$bet$ls, khan.bga$fac, writepdb=TRUE,
filenamebase ="Khan" , writehtml=TRUE)

## Not run: [＃无法运行：]
browseURL(paste("file://", file.path(paste(getwd(),"/khan.html",
sep="")), sep=""))

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。