CorrSample(maCorrPlot)
CorrSample()所属R语言包：maCorrPlot
Sample correlations for random pairs of genes
基因随机对样本相关
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
CorrSample calculates the correlations, standard deviations and some auxiliary variables for random pairs of genes. A plot of the resulting object that shows that these correlations dependend systematically on the genes' variability, suggests a lack of normalization.
CorrSample计算的相关性，标准偏差和基因随机对一些辅助变量。一个图表明，这些相关性，时效关系系统上的基因变异所产生的对象，建议缺乏标准化。
RandPairs is a helper function for generating random pairs from a list of genes.
RandPairs是一个辅助函数产生随机对从基因列表。
用法----------Usage----------
CorrSample(x, np, seed, rp, ndx)
RandPairs(probes, number)
参数----------Arguments----------
参数：x
a gene expression matrix, with samples as columns and genes as rows; missing values are accepted.
接受基因表达矩阵，列和行的基因样本;遗漏值。
参数：np, number
the number of random pairs
随机对数
参数：seed
an optional seed for the random sampling
可选的种子随机抽样
参数：rp
an optional matrix with two columns specifying the random pairs, see Details.
两个随机对指定列的可选矩阵，查看详情。
参数：ndx
an optional logical matrix of the same dimension as x that allows to eliminate a subset of the expression values from the calculation of the correlations, standard deviations and auxiliary variables.
x这方面的一个可选的逻辑矩阵可以消除的相关性，标准偏差和辅助变量的计算表达式的值的一个子集。
参数：probes
a vector of genes from which to draw random pairs; can be integer, as a vector of row indices, or character, as a vector of row names.
从中吸取随机对的基因向量;可以是整数，作为一个行指数的向量，或字符，作为向量的行名。
Details
详情----------Details----------
The sample of random pairs can be specified in a replicable manner either via np and seed, or by using the output from RandPairs for the parameter rp. In case we want to use the same set of random pairs (e.g. when comparing different expression measures on the same data set), the second option will be faster.
随机对样本可以指定一个可复制的方式，通过np和seed，或使用RandPairs参数rp输出。在情况下，我们要使用随机对同一组（例如，相同的数据集上比较不同的表达措施时），第二个选项会更快。
值----------Value----------
An object of class corr.sample; this is just a data frame with an extra class tag to allow for a plotting method.
一个类的对象corr.sample;这仅仅是一个额外的类标签的数据框的绘制方法允许。
The data frame has np rows and nine columns:
数据框np行和9列：
参数：<code>Correlation</code>
the correlation between the two genes across samples
跨样本的两个基因之间的相关性
参数：<code>StdDev</code>
the geometric mean of the standard deviations of the two genes
这两个基因的标准偏差的几何平均数
参数：<code>sd1</code>,<code>sd2</code>
the standard deviations of the genes
基因的标准偏差
参数：<code>m1</code>,<code>m2</code>
the means of the genes
基因的手段
参数：<code>ndx1</code>,<code>ndx2</code>
the indices of the two genes; by default, these will be the corresponding row indices of x, but if rp is specified, they might be gene names.
这两个基因的指标;默认情况下，将相应的行x指数，但如果rp被指定的，他们可能是基因名称。
作者（S）----------Author(s)----------
Alexander Ploner <a href="mailto:Alexander.Ploner@ki.se">Alexander.Ploner@ki.se</a>
参考文献----------References----------
http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=15799785
参见----------See Also----------
plot.corr.sample
plot.corr.sample
举例----------Examples----------
# Get small example data[小示例数据]
data(oligodata)
dim(datA.rma)
# Compute the correlations for 500 random pairs, [计算随机对500的相关性，]
# that is ca. 1/1000 of all possible pairs [这是CA。对所有可能的1/1000]
# Larger numbers are reasonable for larger data sets[更大的数字更大的数据集合理]
cs1 = CorrSample(datA.rma, 500, seed=210)
cs1[1:5,]
# Clear correlation for pairs of genes with low average variability [明显的相关性较低的平均变异基因对]
plot(cs1)
# A different way of specifying the same [一个不同的方式指定相同的]
set.seed(210)
rp = RandPairs(rownames(datA.rma), 500)
cs2 = CorrSample(datA.rma, rp=rp)
cs2[1:5,]
plot(cs2)
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-25 23:59:19
