R语言 macat包 kernelize()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

kernelize(macat)
kernelize()所属R语言包：macat

                                        Smooth expression values or scores
                                         流畅的表达值或分数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

'kernelize' uses a kernel to smooth the data given in geneLocations by computing a weighted sum of the values vector. The weights for each position are given in the kernelweights matrix. A kernelweights matrix can be obtained by using the kernelmatrix function.
“kernelize使用一个内核，平滑在geneLocations给的数据计算的加权总和值向量。每个位置的权重定在kernelweights矩阵。使用kernelmatrix的函数，可以得到一个kernelweights矩阵。


用法----------Usage----------


getsteps(geneLocations, step.width)
kernelmatrix(steps, geneLocations, kernel, kernelparams)
kernelize(values, kernelweights)



参数----------Arguments----------

参数：geneLocations
a list of gene locations (length n)
一个基因位置的列表（长度为n）


参数：step.width
the width of steps in basepairs  
步骤中碱基对的宽度


参数：steps
a list of locations where the kernelization shall be computed  
应计算的核心化的地点列表


参数：kernel
kernel function one of rbf, kNN or basePairDistance (or your own)  
RBF核的功能之一，KNN或basePairDistance（或自己）


参数：kernelparams
a list of named parameters for the kernel (default is fitted to the data)  
一个命名为内核的参数列表（默认安装到的数据）


参数：values
vector of length n or matrix (m x n) of values that are to be smoothed
值将被平滑矢量长度为n的矩阵（MXN）


参数：kernelweights
a matrix of (n x steps) where n is the length of the values vector and steps is the number of points where you wish to interpolate
一个矩阵的（NX步骤），其中n是值向量和步骤的长度是多少分，你想插


值----------Value----------


参数：getsteps
a list of locations starting at min(genLocations) going to max(geneLocations) with steps of size step.width
地点，开始在分钟（genLocations）大小step.width的步骤要最大（geneLocations）


参数：kernelmatrix
a matrix of (n x steps) containing the kernel weights for each location in steps
（NX步骤）的矩阵中每个位置步骤的内核重


参数：kernelize
a vector of length steps or a matrix (m x steps) containing the smoothed values
一个长度的步骤或一个矩阵（MX步骤）向量平滑值


作者（S）----------Author(s)----------


MACAT Development team



参见----------See Also----------

compute.sliding, evalScoring
compute.sliding，evalScoring


举例----------Examples----------


  data(stjd)
  genes = seq(100)
  geneLocations = abs(stjd$geneLocation[genes])
  geneExpression = stjd$expr[genes,]
  step.width = 100000
  steps = getsteps(geneLocations, step.width)
  weights = kernelmatrix(steps, geneLocations, rbf, list(gamma=1/10^13))
  kernelized = kernelize(geneExpression, weights)
  plot(steps, kernelized[1,])

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