R语言 macat包 compute.sliding()函数中文帮助文档(中英文对照)

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compute.sliding(macat)
compute.sliding()所属R语言包：macat

                                        Compute and plot smoothing of expression values or scores along the chromosome
                                         沿染色体的表达值或分数的计算和绘制平滑

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

'compute.sliding' computes a smoothing of the expression data or scores along the chromosome using the specified kernel function. This function is also used within the 'evalScoring' function. 'plotSliding' creates a plot of the smoothed expression values / scores.
“compute.sliding，表达数据或使用指定的内核函数沿染色体的分数计算平滑。此功能也可用于内evalScoring“功能。 “plotSliding创建一个平滑表达式的值/分数的图。


用法----------Usage----------


compute.sliding(data, chromosome, sample, kernel, kernelparams=NULL, step.width = 1e+06)
plotSliding(data, chromosome, sample, kernel, kernelparams=NULL,
step.width=1000000, ...)



参数----------Arguments----------

参数：data
A MACATData list holding the Expression values and gene locations
一个MACATData列表控股的表达值和基因的位置


参数：chromosome
the chromosome to be smoothed
要平滑的染色体


参数：sample
the sample (patient) whose expression values are smoothed  
样本（病人）的表达式的值是平滑


参数：kernel
a kernel function (one of rbf, kNN, basePairDistance or your own)  
内核函数（之一RBF，KNN basePairDistance;或自己）


参数：kernelparams
a list of named parameters for the kernel (by default estimated from the data)  
一个命名为内核的参数列表（默认情况下，从数据估计）


参数：step.width
the smoothing is computed stepwise every step.width basepairs  (default is 100000)  
平滑的计算逐步每step.width碱基（默认为100000）


参数：...
further graphical parameters passed on to plot.default
进一步的图形参数传递plot.default


值----------Value----------

for compute.sliding: a matrix of dimension (steps x 2) with in the first column the locations in basepairs where an interpolation is computed, and in the second column the smoothed values. plotSliding does not return anything and is merely called for its side-effect producing the plot.
compute.sliding：一维矩阵与插值计算的碱基对的位置，在第一列和第二列中的平滑值（步骤x 2）。 plotSliding不返回任何东西，只是呼吁其副作用产生积。


作者（S）----------Author(s)----------


MACAT development team



参见----------See Also----------

kernelize, evalScoring
kernelize，evalScoring


举例----------Examples----------


data(stjd)
# just compute smoothed values:[只是计算平滑值：]
smooth = compute.sliding(stjd, chromosome=3, sample=6, rbf,
                         kernelparams=list(gamma=1/10^13))
# compute and plot smoothed values:[计算和绘制平滑值：]
plotSliding(stjd, chromosome=3, sample=6,rbf,
            kernelparams=list(gamma=1/10^13),pch=20,
            main="Chromosome 3")

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