R语言 maanova包 fom()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

fom(maanova)
fom()所属R语言包：maanova

                                        Figure of Merit
                                         图优异

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

K-means clustering needs a given number of groups, which is difficult to guess in most of the cases. This function calculates the Figure of Merit values for different number of groups and generates the FOM plot (FOM value versus number of groups). Lower FOM value means better grouping. User can decide the number of groups in kmeans cluster based on that result.
K-means聚类需要一组给定数量，在大多数情况下这是难以猜测。此函数计算组不同数量的奖金值图和生成的FOM图（的FOM值与组数）。较低的FOM值意味着更好的分组。用户可以决定在KMEANS聚类的组数，根据这一结果。


用法----------Usage----------


fom(anovaobj, idx.gene, term, ngroups)



参数----------Arguments----------

参数：anovaobj
An object of class maanova.
对象类maanova。


参数：idx.gene
The index of genes to be clustered.
聚类的基因指数。


参数：term
The factor (in formula) used in clustering. The expression level for this term will be used in clustering. This term has to  correspond to the gene list, e.g, idx.gene in this function. The gene list should be the significant hits in testing this term.
聚类因子（公式）。对这个词的表达水平，将用于聚类。这个词有对应的基因列表，例如，在此功能idx.gene。基因名单应该在测试这个术语的重大命中。


参数：ngroups
The number of groups for K-means cluster. This could be a vector or an integer.
的K-means聚类的群体数量。这可能是一个向量或一个整数。


值----------Value----------

A vector of FOM values for the given number of groups
一组给定数量的FOM值向量


作者（S）----------Author(s)----------


Hao Wu



参考文献----------References----------

for gene expression data. Bioinformatics, 17:309-318.

参见----------See Also----------

macluster, consensus, kmeans
macluster，consensus，kmeans


举例----------Examples----------


# load in data[数据加载]
data(abf1)
# fit the anova model[符合方差分析模型]
## Not run: [＃无法运行：]
fit.fix = fitmaanova(abf1,formula = ~Strain)
# test Strain effect [测试应变效应]
test.fix = matest(abf1, fit.fix, term="Strain",n.perm= 1000)
# pick significant genes - pick the genes selected by Fs test[挑显着的基因 - 接由呋喃试验选定的基因]
idx <- volcano(test.fix)$idx.Fs
# generate FOM[生成的FOM]
m <- fom(fit.fix, idx, "Strain", 10)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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