R语言 lumi包 rsn()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

rsn(lumi)
rsn()所属R语言包：lumi

                                         Robust Spline Normalization between chips  
                                         芯片之间的鲁棒样条标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Robust spline normalization (monotonic curves) between chips
芯片之间的鲁棒样条标准化（单调的曲线）


用法----------Usage----------


rsn(x.lumi, targetArray = NULL, excludeFold = 2, span = 0.03, ifPlot = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x.lumi
an ExpressionSet inherited object or a data matrix with columns as samples and rows as genes  
作为样本行和列作为基因一个ExpressionSet继承的对象或数据矩阵


参数：targetArray
A target chip is the model for other chips to normalize. It can be a column index, a vector or a LumiBatch object with one sample.  
一个目标芯片是其他芯片标准化的模型。它可以是一个列的索引，一个向量或一个样本LumiBatch对象。


参数：excludeFold
exclude the genes with fold change larger than "excludeFold" during fitting the curve in normalization  
排除在拟合曲线标准化倍变化比“excludeFold”的基因


参数：span
the span parameter used by monoSmu  
使用monoSmu跨度参数


参数：ifPlot
determine whether to plot intermediate results  
决定是否要绘制的中间结果


参数：...
other parameters used by monoSmu  
monoSmu使用其他参数


Details

详情----------Details----------

The robust spline normalization (RSN) algorithm combines the features of quantile and loess normalization. It is designed to normalize the variance-stabilized data. The function will check whether the data is variance stabilized (vst or log2 transform), if not, it will automatically run lumiT before run rsn. For details of the algorithm, please see the reference.
强劲的样条标准化（RSN）算法相结合的分量和黄土标准化的功能。它的目的是稳定方差数据标准化。该函数将检查数据是否方差稳定（VST或log2变换的），如果没有，它会自动运行之前运行RSN lumiT的。算法的详细信息，请参阅参考。

The targetArray can be a column index, a vector or a LumiBatch object with one sample, which corresponds to an external sample to be normalized with. This is very useful for handling large data set or normalizing the data set with a common reference (targetArray).
targetArray可以是列的索引，一个向量或一个样本，相当于一个外部样本进行标准化LumiBatch对象。处理大型数据集或一个共同的参考（targetArray）设置数据标准化，这是非常有用的。


值----------Value----------

Return an object with expression values normalized. The class of the return object is the same as the input object x.lumi. If it is a LumiBatch object, it also includes the VST transform function and its parameters as attributes: "transformFun", "parameter". See inverseVST for details.
返回一个表达式的值标准化的对象。返回对象的类是相同的输入对象x.lumi的。如果它是一个LumiBatch对象，还包括VST的转换功能和它的参数作为属性：的“transformFun”，“参数”。看到inverseVST详情。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du, Simon Lin



参见----------See Also----------

lumiN, monoSmu
lumiN，monoSmu

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