R语言 lumi包 plotSampleRelation()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotSampleRelation(lumi)
plotSampleRelation()所属R语言包：lumi

                                         visualize the sample relations
                                         可视化的样本关系

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plot the sample relations based on MDS or hierarchical clustering
基于MDS或层次聚类绘制样本关系


用法----------Usage----------


plotSampleRelation(x, subset = NULL, cv.Th = 0.1, standardize = TRUE, method = c("cluster", "mds"), dimension = c(1, 2), color = NULL, main = NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
a LumiBatch object, ExpressionSet object or a matrix with each column corresponding to a sample
1 LumiBatch对象，ExpressionSet的对象或矩阵的每一列对应一个样本


参数：subset
the subset probes used to determine the sample relations. If it is one number, then randomly selected "number" of probes will be used. If not provide, all the probes will be used.  
探针，用来确定样本关系的一个子集。如果它是一个数字，然后随机选择“数字”的探测器将使用。如果不能提供，将用于所有的探针。


参数：cv.Th
the threshold of the coefficient of variance of probes used to select probes to estimate sample relations  
使用探针方差系数的阈值选择探针来估计样本的关系


参数：standardize
standardize the expression profiles or not  
规范的表达谱或不


参数：method
"MDS" or "hierarchical clustering"  
“MDS的”或“分层聚类”


参数：dimension
the principle components to visualize the MDS plot  
原则组件可视化的MDS图


参数：color
the color for each sample during plot. Only support the "mds" method  
在小区每个样品的颜色。只支持“MDS”的方法


参数：main
the title of the plot  
图的标题


参数：...
Other parameters used by plot function.  
绘图功能所使用的其他参数。


Details

详情----------Details----------

Estimate the sample relations based on selected probes (based on large coefficient of variance (mean / standard variance)). Two methods can be used: MDS (Multi-Dimensional Scaling) or hierarchical clustering methods.
估计样本根据选定的探针（基于大的变异系数（平均/标准方差））的关系。可以使用两种方法：MDS（多维缩放）或层次聚类方法。


值----------Value----------

Invisibly return the hierarchical clustering results (if 'cluster' method used) or coordinates of the mds plot (if 'mds' method used) .
无形返回的层次聚类结果（如果使用“聚类”的方法）坐标或MDS图的（如果使用“MDS”的方法）。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du



参见----------See Also----------

lumiQ, LumiBatch, , plot,ExpressionSet-method
lumiQ，LumiBatch，plot,ExpressionSet-method


举例----------Examples----------



## load example data[＃加载数据为例]
data(example.lumi)

## plot the sample relations with MDS[＃绘制与MDS样本关系]
## the color of sample is automatically set based on the sample type[样本类型的基础上，＃样品的颜色自动设置]
plotSampleRelation(example.lumi, col=c('100US', '95US:5P', '100US', '95US:5P'))

## plot the sample relations with hierarchical clustering[＃绘制与层次聚类样本的关系]
plotSampleRelation(example.lumi, method='cluster')


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