R语言 lumi包 plotColorBias1D()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotColorBias1D(lumi)
plotColorBias1D()所属R语言包：lumi

                                         Plot the color bias density plot of Illumina Infinium Methylation data
                                         Illumina的Infinium甲基化数据，绘制色彩偏差密度图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot the color bias density plot of Illumina Infinium Methylation data in one dimension (comparing with 2D scatter plot)
Illumina的Infinium甲基化数据的颜色偏差密度图绘制在一维与二维散点图比较


用法----------Usage----------


plotColorBias1D(methyLumiM, channel = c("both", "unmethy", "methy", "sum"), colorMode=TRUE, removeGenderProbes = FALSE, logMode = TRUE, subset = NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：methyLumiM
MethyLumiM-class object or eSet-class object, which include methylated and unmethylated probe intensities  
MethyLumiM类对象或的ESET一流的对象，其中包括甲基化和甲基化的探针强度


参数：channel
estimate the intensity in different methods  
不同的方法估算的强度


参数：colorMode
whether separate two color channels or not  
无论是独立的两色通道或不


参数：removeGenderProbes
determine whether exclude probes on X and Y chromosomes if the chromosome information is provided in the methyLumiM object.
确定是否排除如果染色体信息在methyLumiM对象的X和Y染色体的探针。


参数：logMode
Whether plot the intensities in log-scale  
无论是图的强度，在log规模


参数：subset
plot subset of randomly selected rows. All data will be plotted if it is NULL.  
随机选择的行的积子集。如果它是NULL，所有数据都将绘制。


参数：...
other parameters used by density and  plot
其他参数density和plot


Details

详情----------Details----------

Plot the color bias density plot of Illumina Infinium Methylation data. There are four options using "channel" parameter to plot the density plot. "both": estimate the density by pooling together methylated and unmethylated probe intensities. "unmethy" and "methy": plot either unmethylated or methylated probe density. "sum" plot the density of the sum of methylatled and unmethylated probe intensitys.
Illumina的Infinium甲基化数据，绘制色彩偏差密度图。有四个选项，使用“通道”参数来绘制密度图。 “既”：汇集甲基化和甲基化的探针强度密度估计。 “unmethy”和“甲基”：图甲基化或甲基化的探针密度。 “和”积密度的总和methylatled和甲基化探针intensitys的。


值----------Value----------

Invisibly return TRUE if plot successfully.
无形中如果图成功返回TRUE。


作者（S）----------Author(s)----------



Pan DU




参见----------See Also----------

See Also as plotColorBias2D and boxplotColorBias
另见plotColorBias2D和boxplotColorBias


举例----------Examples----------


data(example.lumiMethy)
# before adjustment[调整前]
plotColorBias1D(example.lumiMethy)

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注：
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