R语言 lumi包 lumiT()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

lumiT(lumi)
lumiT()所属R语言包：lumi

                                         Transfer the Illumina data to stabilize the variance
                                         Illumina的数据转移到稳定的变异

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Transfer the Illumina data to stabilize the variance.
Illumina的数据传输稳定的变异。


用法----------Usage----------


lumiT(x.lumi, method = c("vst", 'log2', 'cubicRoot'), ifPlot = FALSE, simpleOutput = TRUE, verbose = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x.lumi
LumiBatch object  
LumiBatch对象


参数：method
four methods are supported: "vst", "log2", "cubicRoot"  
支持四种方法：“伟仕”，“的log2”，“cubicRoot”


参数：ifPlot
determine whether to plot the intermediate results  
确定是否要绘制的中间结果


参数：simpleOutput
determine whether to simplify the output LumiBatch object, which will set the se.exprs, detection and beadNum slots as NULL.  
确定是否要简化的的输出LumiBatch对象，这将设置se.exprs，检测和为NULL beadNum插槽。


参数：verbose
a boolean to decide whether to print out some messages  
一个布尔值，决定是否打印出一些消息


参数：...
other parameters used by vst  
vst使用其他参数


Details

详情----------Details----------

lumiT is an interface of difference variance stabilizing transformation. See vst for details of VST (Variance Stabilizing Transform) of Illumina data.
lumiT是稳定转型的差异方差的接口。看到vst伟仕Illumina的数据（稳定价格差异变换）的细节。

NOTE: This correction of STDERR as STDEV was moved to the lumiR function.
注：此STDERR的校正STDEV的被感动的lumiR功能。


值----------Value----------

Return a LumiBatch object with transformed expression values. It also includes the VST transform function and its parameters as attributes: "transformFun", "parameter". See inverseVST for details.
返回一个表达式的值转化LumiBatch对象。它还包括VST的转换功能和它的参数属性：“transformFun”，“参数”。看到inverseVST详情。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du, Simon Lin



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

vst
vst


举例----------Examples----------



## load example data[＃加载数据为例]
data(example.lumi)

## Do default VST variance stabilizing transform[＃默认的VST方差稳定变换]
lumi.T <- lumiT(example.lumi, ifPlot=TRUE)



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