R语言 lumi包 LumiBatch-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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LumiBatch-class(lumi)
LumiBatch-class()所属R语言包：lumi

                                        Class LumiBatch: contain and describe Illumina microarray data
                                         类LumiBatch：包含和描述Illumina公司的基因芯片数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a class representation for Illumina microarray data. It extends ExpressionSet.
这是一个类表示为Illumina公司的基因芯片数据。延伸ExpressionSet。


延伸----------Extends----------

Directly extends class ExpressionSet.
直接延伸类ExpressionSet。


创建对象----------Creating Objects----------

new('LumiBatch',     exprs = [matrix],         se.exprs = [matrix],         beadNum = [matrix],         detection = [matrix],     phenoData = [AnnotatedDataFrame],     history = [data.frame],     ...)   
new('LumiBatch',     exprs = [matrix],         se.exprs = [matrix],         beadNum = [matrix],         detection = [matrix],     phenoData = [AnnotatedDataFrame],     history = [data.frame],     ...)   

LumiBatch instances are usually created through new("LumiBatch", ...). The arguments to new should include exprs and se.exprs, others can be  missing, in which case they are assigned default values.
LumiBatch实例通常是创建new("LumiBatch", ...)。的new的参数应包括exprs和se.exprs，其他可缺少的，在这种情况下，他们被分配缺省值。

Objects can be created using the function lumiR.
创建对象可以使用的功能lumiR。


插槽----------Slots----------

Slot specific to LumiBatch:
LumiBatch插槽具体：




history:  a data.frame recording the operation history of the LumiBatch object.
history：数据框记录操作的LumiBatch对象历史。




controlData:  a data.frame with first two columns as "controlType" and "ProbeID". The rest columns are the control probe expression amplitudes for individual samples.
controlData：与前两列作为“的ControlType”和“ProbeID”数据框。其余列是个别样品的表达振幅控制探针。




QC:  a the quality control information of the LumiBatch object, returned by lumiQ function.
QC：一个质量控制的LumiBatch对象的信息，返回lumiQ功能。

Slots inherited from ExpressionSet:
从ExpressionSet插槽继承：




assayData  contains equal dimensional matrices: exprs (contains gene expression level, which is the mean of its bead replicates.), se.exprs (contains gene expression standard error, which is the standard error of its bead replicates.),  beadNum (records the number of beads for the probe.), detection (records the detection p-value of the probe. The number is from [0,1]. By default, < 0.01 indicates good detection.).
assayData包含平等的二维矩阵：exprs（包含基因表达水平，这是其珠重复的平均值。），se.exprs（包含基因表达标准的错误，这是标准的错误其珠复制），beadNum（记录数珠探针），detection（记录的检测探针的p值。的数量从[0,1]。默认情况下，<0.01，表示良好的检测。）。




phenoData: See eSet
phenoData：见eSet




experimentData: See eSet
experimentData：见eSet




annotation: See eSet
annotation：见eSet


方法----------Methods----------

Class-specific methods:
类的具体方法：




se.exprs(LumiBatch), se.exprs(LumiBatch,matrix)<-: Access and
se.exprs(LumiBatch)，se.exprs(LumiBatch,matrix)<-：访问和




beadNum(LumiBatch), beadNum(LumiBatch)<-: Access and
beadNum(LumiBatch)，beadNum(LumiBatch)<-：访问和




detection(LumiBatch), detection(LumiBatch)<-: Access and
detection(LumiBatch)，detection(LumiBatch)<-：访问和




getHistory(LumiBatch): Access the operation history of LumiBatch object.
getHistory(LumiBatch)：进入LumiBatch对象的经营历史。

Derived from ExpressionSet (For the directly inherited methods,  please see ExpressionSet and eSet):
来自ExpressionSet（对于直接继承的方法，请参阅ExpressionSet和eSet）：




combine(LumiBatch,missing): Combine two LumiBatch objects, including history slot. See eSet
combine(LumiBatch,missing)：合并两个LumiBatch对象，包括history插槽。看到eSet




exprs(LumiBatch), exprs(LumiBatch,matrix)<-: Access and
exprs(LumiBatch)，exprs(LumiBatch,matrix)<-：访问和




object[(i,j): Conduct subsetting of the data in a LumiBatch object
object[(i,j)：进行的在LumiBatch对象的数据子集

Standard generic methods (For the directly inherited methods,  please see ExpressionSet and eSet):
标准的通用方法（直接继承的方法，请参阅ExpressionSet和eSet）：




initialize(LumiBatch): Object instantiation, used
initialize(LumiBatch)：对象实例，使用




validObject(LumiBatch): Validity-checking method, ensuring that exprs and se.exprs
validObject(LumiBatch)：有效性检查方法，确保exprs和se.exprs




show(LumiBatch) A summary of the LumiBatch object.
show(LumiBatch)的LumiBatch对象的总结。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du, Simon Lin



参见----------See Also----------

lumiR, lumiT, lumiN, boxplot-methods, pairs-methods, MAplot-methods
lumiR，lumiT，lumiN，boxplot-methods，pairs-methods，MAplot-methods


举例----------Examples----------


## load example data[＃加载数据为例]
data(example.lumi)

## show the summary of the data[＃显示的数据汇总]
# summary(example.lumi)[摘要（example.lumi）]
example.lumi       

## get express matrix[＃得到明确的矩阵]
temp <- exprs(example.lumi)

## get a subset[＃得到一个子集。]
temp &lt;- example.lumi[,1]        ## retrieve the first sample[＃检索第一个样本。]

## get the probe id[＃探针ID]
featureNames(example.lumi)[1:3]

## combine LumiBatch objects[＃结合LumiBatch对象]
temp <- combine(example.lumi[,1], example.lumi[,3])
temp


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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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