R语言 lumi包 lumiB()函数中文帮助文档(中英文对照)

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lumiB(lumi)
lumiB()所属R语言包：lumi

                                         Background correction of Illumina Expression data
                                         Illumina公司的基因表达数据的背景校正

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Background correction of Illumina Expression data
Illumina公司的基因表达数据的背景校正


用法----------Usage----------


lumiB(x.lumi, method = c('none', 'bgAdjust', 'forcePositive', 'bgAdjust.affy'), verbose = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x.lumi
an ExpressionSet inherited object or a data matrix with columns as samples and rows as genes. For 'bgAdjust' method, it should be a LumiBatch Object  
一个ExpressionSet继承的对象或数据矩阵作为样本和基因的行列。对于bgAdjust“的方法，它应该是一个LumiBatch对象


参数：method
the background correction method, it can be any function with a ExpressionSet Object or matrix as the first argument and return an processed object with the same class  
背景校正方法，它可以是任何一个ExpressionSet对象或矩阵的功能，作为第一个参数，并返回一个处理同一类对象


参数：verbose
a boolean to decide whether to print out some messages  
一个布尔值，决定是否打印出一些消息


参数：...
other parameters used by the user provided background correction method   
用户所使用的其他参数提供的背景校正方法


Details

详情----------Details----------

We assume the BeadStudio output data is background corrected. So by default, it will do nothing. The 'bgAdjust' method will estimate the background based on the control probe information, which is kept in the controlData slot of LumiBatch object. The 'forcePositive' method will force all expression values to be positive by adding an offset (minus minimum value plus one), it does nothing if all expression values are positive. The purpose of this is to avoid NA when do logarithm transformation. 'none' does not but return the LumiBatch object. 'bgAdjust.affy' will call the bg.adjust function in affy package. User can also provide their own function with a LumiBatch Object as the first argument and return a LumiBatch Object with background corrected.
我们假设背景纠正BeadStudio输出数据。因此，默认情况下，它不会做任何事情。的“bgAdjust方法将估计基于控制探针的信息，这是保持在LumiBatch对象controlData插槽的背景。 “forcePositive”的方法，将迫使所有的表达式的值是通过加一个偏移量（减去最低值加一）积极，什么也不做，如果所有的表达式的值是积极的。这样做的目的是为了避免不适用的时候做对数变换。 “没有并不但返回LumiBatch的对象。 “bgAdjust.affy”将调用bg.adjustaffy包功能。用户还可以提供自己的功能与LumiBatch对象作为第一个参数，并返回一个LumiBatch对象与背景纠正。

Thanks Kevin Coombes (M.D. Anderson Cancer Center) suggested adding this function.
感谢凯文·库姆斯（MD安德森癌症中心）建议增加此功能。


值----------Value----------

Return an object with background corrected. The class of the return object is the same as the input object x.lumi.
返回一个对象与背景纠正。返回对象的类是相同的输入对象x.lumi的。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du, Kevin Coombes



参见----------See Also----------

bgAdjust, lumiExpresso
bgAdjust，lumiExpresso


举例----------Examples----------


## load example data[＃加载数据为例]
data(example.lumi)

## Do the default background correction method[＃做默认的背景校正方法。]
lumi.B <- lumiB(example.lumi, method='bgAdjust', probs=0)


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