R语言 lumi包 getControlData()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getControlData(lumi)
getControlData()所属R语言包：lumi

                                         Get control probe information
                                         获取控制探针信息

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Get control probe information from Bead Studio output or a LumiBatch object.
从珠Studio的输出或LumiBatch的对象得到控制探针信息。


用法----------Usage----------


getControlData(x, type = c('data.frame', 'LumiBatch'), ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
the control data can be a LumiBatch object or the Control Probe Profile file outputted by BeadStudio  
控制数据可以是一个LumiBatch对象由BeadStudio输出或监控探针资料文件


参数：type
determine the return data type  
确定返回的数据类型


参数：...
other parameters used by lumiR function  
lumiR功能使用的其他参数


值----------Value----------

By default, it returns a data.frame with first two columns as "controlType" and "ProbeID". The rest columns are the expression amplitudes for individual samples. When type is 'LumiBatch', it returns a LumiBatch object, which basically is the return of lumiR without combining duplicated TargetIDs. As the return is a LumiBatch object, it includes more information, like probe number, detection p-value and standard error of the measurement.
默认情况下，它返回与前两列“的ControlType”和“ProbeID”数据框。其余列有个别样品的表达振幅。当类型是“LumiBatch”，它返回一个对象LumiBatch，基本上是的lumiR的回报，而不结合重复TargetIDs的。作为回报是LumiBatch对象，它包含更多的探针数量等信息，检测P-值和测量标准误差。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du



参见----------See Also----------

addControlData2lumi
addControlData2lumi


举例----------Examples----------


        controlFile <- system.file('doc', 'Control_Probe_Profile.txt', package='lumi')
        ## return a data.frame[＃返回数据框。]
        controlData <- getControlData(controlFile)
        class(controlData)
        names(controlData)
       
        ## return a LumiBatch object[＃返回LumiBatch的对象]
        controlData <- getControlData(controlFile, type='LumiBatch')
        summary(controlData)

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