R语言 lumi包 gammaFitEM()函数中文帮助文档(中英文对照)

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gammaFitEM(lumi)
gammaFitEM()所属R语言包：lumi

                                         Estimate the methylation status by fitting a Gamma mixture model using EM algorithm
                                         估计装修伽玛使用EM算法的混合模型的甲基化状态

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate the methylation status by fitting a two component Gamma mixture model using EM algorithm based on the all M-values of a particular sample
由两个组件伽玛混合模型拟合使用的甲基化状态估计，EM算法的基础上的一个特定样本的m值


用法----------Usage----------


gammaFitEM(M, initialFit = NULL, fix.k = NULL, weighted = TRUE, maxIteration = 50, tol = 1e-04, plotMode = FALSE, verbose = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：M
a vector of M-values covering the whole genome  
覆盖整个基因组的m值的向量


参数：initialFit
the initial estimation of the gamma parameters returned by .initialGammaEstimation function  
返回伽玛参数的初步估计。initialGammaEstimation功能


参数：fix.k
the k parameter of  the gamma function which is fixed during estimation  
估计这是在固定的伽玛函数的k参数


参数：weighted
determine whether to down-weight the long tails of two component densities beyond their modes  
决定是否要降体重超出了他们的模式两个组件密度的长尾巴


参数：maxIteration
maximum iterations allowed before converging  
允许的最大迭代前汇合


参数：tol
the difference threshold used to determine convergence  
差阈值用于确定收敛


参数：plotMode
determine whether plot the histogram and density plot estimation  
确定是否绘制直方图和密度的图估计


参数：verbose
determine whether plot intermediate messages during iterations  
确定在迭代过程中的中间消息是否图


Details

详情----------Details----------

The assumption of this function is that the M-value distribution is composed of the mixture of two shifted gamma distributions, which are defined as: dgamma(x-s[1], shape=k[1], scale=theta[1]) and dgamma(s[2]-x, shape=k[2], scale=theta[2]). Here s represents the shift.
这个函数的假设是，两个转移的伽玛分布，这被定义为混合组成的M值分布：dgamma（XS [1]，形状= K [1]，规模= THETA [1]）和dgamma（[2]-X，形状= K [2]，规模= THETA [2]）。这里s代表的转变。


值----------Value----------

The return is a list with "gammaFit" class attribute, which includes the following items:
返回的是一个与“gammaFit”类属性，其中包括以下项目的名单：


参数：logLikelihood
the log-likelihood of the fitting model
对数似然拟合模型


参数：k
parameter k of gamma distribution
伽玛分布参数k


参数：theta
parameter theta of gamma distribution
伽玛分布参数THETA


参数：shift
parameter shift of gamma distribution
伽玛分布参数转变


参数：proportion
the proportion of two components (gamma distributions)
两部分组成（伽玛分布）的比例


参数：mode
the mode positions of the gamma distributions
伽玛分布的模式位置


参数：probability
the estimated methylation status posterior probability of each CpG site
每个CpG位点的甲基化状态估计后验概率


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du



参见----------See Also----------

methylationCall and plotGammaFit
methylationCall和plotGammaFit


举例----------Examples----------



data(example.lumiMethy)
M <- exprs(example.lumiMethy)
fittedGamma <- gammaFitEM(M[,1], initialFit=NULL, maxIteration=50, tol=0.0001, plotMode=TRUE, verbose=FALSE)


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