R语言 lumi包 estimateBeta()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

estimateBeta(lumi)
estimateBeta()所属R语言包：lumi

                                         Estimate methylation Beta-value matrix
                                         估计甲基化的β值矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate methylation Beta-value matrix from MethyLumiM-class object or eSet-class object, which include methylated and unmethylated probe intensities
估计甲基化的β值矩阵从MethyLumiM类对象或ESET类对象，其中包括甲基化和甲基化的探针强度


用法----------Usage----------


estimateBeta(methyLumiM, returnType=c("ExpressionSet", "matrix"), offset = 100)



参数----------Arguments----------

参数：methyLumiM
MethyLumiM-class object or eSet-class object, which include methylated and unmethylated probe intensities  
MethyLumiM类对象或的ESET一流的对象，其中包括甲基化和甲基化的探针强度


参数：returnType
determine whether return an ExpressionSet or matrix object
确定是否返回ExpressionSet或矩阵对象


参数：offset
An offset value added to the denominator to avoid close to zero intensities   
偏移值添加到分母，以避免接近零的强度


Details

详情----------Details----------

Beta-value is ratio between Illumina methylated probe intensity and total probe intensities (sum of methylated and unmethylated probe intensities, see estimateIntensity). An offset value added to the denominator to avoid close to zero intensities in the denominator. Beta-value is in the range of 0 and 1. If we assume the probe intensity follows Gamma distribution, then the Beta-value follows a Beta distribution.
β-值是Illumina的甲基化的探针强度和探针总强度之间的比率（甲基化和甲基化的探针强度的总和，看到estimateIntensity）。偏移值添加到分母，以避免在分母为零强度接近。 β-值是在0和1的范围内。如果我们假设探针强度如下Gamma分布，β-值如下Beta分布。


值----------Value----------

An ExpressionSet or matrix object of methylation Beta-value
甲基化的β值ExpressionSet或矩阵对象


作者（S）----------Author(s)----------



Pan DU




参见----------See Also----------

See Also as estimateIntensity and estimateM
另见estimateIntensity和estimateM


举例----------Examples----------


data(example.lumiMethy)
methyLumiBeta = estimateBeta(example.lumiMethy)
density(methyLumiBeta)


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