R语言 lumi包 bgAdjustMethylation()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

bgAdjustMethylation(lumi)
bgAdjustMethylation()所属R语言包：lumi

                                         Estimate and adjust the background levels of Illumina Infinium methylaton microarrays
                                         估计和调整Illumina的的Infinium methylaton芯片的背景水平

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate and adjust the background levels of Illumina Infinium methylaton microarrays
估计和调整Illumina的的Infinium methylaton芯片的背景水平


用法----------Usage----------


bgAdjustMethylation(methyLumiM, separateColor = FALSE, targetBGLevel = 300, negPercTh = 0.25)



参数----------Arguments----------

参数：methyLumiM
a MethyLumiM object or any eSet object with "methylated" and "unmethylated" data matrix element in the assayData slot  
1 MethyLumiM对象或任何与“甲基化”和“甲基化”矩阵元素数据在assayData插槽ESET对象


参数：separateColor
determine whether separately process two color channels
确定是否分开处理两色通道


参数：targetBGLevel
adjust background level to a non-zero target background level  
一个非零的目标背景水平调整的背景水平


参数：negPercTh
the threshold of the percentage of negative values after subtract estimated background levels. A warning will be given if too many probes having intensities lower than background levels.
负值后减去估计的背景水平的百分比的阈值。将给予警告，如果太多探针具有强度低于背景水平。


Details

详情----------Details----------

The estimation of background level of Infinium methylaton microarray is based on the assumption that the lots of CpG sites are unmethylated, which results in a density mode of the intensities measured by methylated probes. The position of this mode represents the background level.
的的背景Infinium methylaton芯片水平的估计是基于甲基化CpG位点的地段，假设，导致的甲基化的探针测量的强度，密度模式。在这种模式下的位置，代表本底水平。


值----------Value----------

Return an object (same class as input methyLumiM) with updated "methylated" and "unmethylated" data matrix after background level adjustment. The estimated background level was kept in the attribute, "EstimatedBG", of the returned methyLumiM object.
与更新“甲基化”和“甲基化”的数据矩阵背景水平调整后返回一个对象（输入methyLumiM同一类）。估计背景水平保持在属性，“EstimatedBG”，的返回methyLumiM对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Pan DU




参见----------See Also----------

See Also lumiMethyB and estimateMethylationBG
lumiMethyB和estimateMethylationBG


举例----------Examples----------


data(example.lumiMethy)
lumiMethy.bgAdj = bgAdjustMethylation(example.lumiMethy)
attr(lumiMethy.bgAdj, "EstimatedBG")

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