bgAdjust(lumi)
bgAdjust()所属R语言包:lumi
Background adjustment for Illumina data
Illumina的数据为背景调整
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The method adjusts the data by subtracting an offset, which is estimated based on the quantile of the control probes
该方法调整减去一个偏移量,这是基于控制探针位数估计的数据
用法----------Usage----------
bgAdjust(lumiBatch, probs = 0.5, ...)
参数----------Arguments----------
参数:lumiBatch
A LumiBatch object with controlData slot include control probe information
与controlData插槽LumiBatch对象包括控制探针信息
参数:probs
The quantile used to estimate the background
用来估计背景的位数
参数:...
other parameters used by quantile method
其他quantile方法使用的参数
Details
详情----------Details----------
The method adjusts the data by subtracting an offset, which is estimated based on the quantile of the control probes. The control probe information is kept in the controlData slot of the LumiBatch object. If no control data information, the method will do nothing.
该方法通过减去一个偏移量,这是基于控制探针位数估计调整的数据。控制传感器的信息被保存在的LumiBatch对象controlData插槽。如果没有控制数据信息,该方法将无能为力。
值----------Value----------
It returns a LumiBatch object with background adjusted.
它返回调整与背景LumiBatch对象的。
作者(S)----------Author(s)----------
Pan Du
参见----------See Also----------
lumiB
lumiB
举例----------Examples----------
data(example.lumi)
## Here will assume the minimum of the control probe as the background,[#这里将承担最低控制探针为背景,]
## because there is no negative control (blank beads) information for the Barnes data.[#因为有没有阴性对照组(空白珠)为巴恩斯数据的信息。]
example.lumi.b <- bgAdjust(example.lumi, probs=0)
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注:
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注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
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